问题标签 [ncbi]

我正在尝试从 NCBI 网站获取 FASTA 文件，我使用以下功能

当我尝试检索序列时

getSequence(query2$req[[1]]) 中的错误：找不到对象“query2”

还有更好的方法来缩短这些循环功能吗？

如果我使用

我收到另一个错误

查询错误（“queryname”，“thequery”）：无效请求：“(^) 处的未知列表：\"(^)thequery\""

我想知道Bio.Entrez是否检索 PubMed 文章的efetch()所有元数据，给定一个 PMID 作为输入。对于所有元数据，我的意思是 PubMed 是否有比efetch()检索到的更多的元数据。

例如，我看到对于 PMID 23954024，efetch()检索的摘要包含的信息比 PubMed 网站 ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23954024 ) 上的摘要少：

efetch()：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23954024：摘要 目标：肩袖肌腱病是肩痛的常见来源，其特征是部分患者出现持续和/或反复出现的问题。本研究的目的是试验提出的方法，以进行实质性研究，以评估自我管理的负荷运动计划与常规物理疗法治疗肩袖肌腱病的有效性。

（的摘要中缺少OBJECTIVES、DESIGN、SETTING等。）efetch()

还遗漏了哪些其他元数据efetch()，有没有办法以编程方式检索丢失的信息？

我正在使用 R 中的rentrez包搜索 PubMed，并希望获得按相关性排序的结果。目前它们按出版日期排序。

我正在使用以下命令对 NCBI 数据库和 Silva 数据库执行本地爆破：

问题伴随结果而来。带注释的分类法完全不同。我已经通过在线爆破手动检查了其中一些，似乎 Silva 给出了正确的结果，这意味着本地 Silva 结果与在线 NCBI 结果一致。

两个数据库都在同一个文件中。这是里面的内容：

有谁知道可能是什么原因？

我将不胜感激任何帮助。

问候，伊琳娜

我有一个向量，其后可能跟零个或多个以“/”开头的限定符。第一个元素应该始终是一个术语。

我想加入最后一个任期的预选赛并获得一个新的向量

我一直在 Genbank 上看到警告说他们正在逐步淘汰 GI 编号，并保存了许多 fasta 文件，我以以下格式编辑了标题：

我什至不知道从哪里开始，但有没有一种方法，最好是使用 python，我可以从 NCBI 获取每个 gi 的相应登录号，并输出一个带有如下标题的文件：

这是文件格式的另一个示例：

编辑/更新：

一段时间以来，我一直在非常强大的服务器上使用 ete2 模块。一切都很好，直到它开始变得非常缓慢（get_taxid_translator()每分钟一个功能），现在我什至无法完成ncbi = NCBITaxa()任务。我已经卸载并重新安装了 anaconda2，尝试更新到 ete3，在我们的“开发服务器”上一切正常，但仍然无法通过ncbi = NCBITaxa()我们普通服务器上的任何软件。即使以下脚本也无法完成

这有发生在其他人身上吗？我需要降级任何依赖项吗？会不会是权限问题？当我运行基本脚本时，ctrl+c 或 ctrl+z 都不会转义脚本，我必须使用它kill -9 <job-id>来杀死脚本。如果我等待太久，进程将进入不间断睡眠。

提前谢谢你，亚历克西斯。

Python 2.7.12 :: Anaconda 自定义（64 位）gcc (GCC) 5.4.0

我正在使用JEUtils来获取和解析 Java 中的 Pubmed 结果（这是一个似乎被放弃的工具）。

由于几天前该工具在某些结果中抛出异常，并且经过检查，Pubmed 似乎不尊重自己的DTD（其 DTDs Page中的第一个）。

比如这篇文章，你可以通过 Format: XML 看到或者直接看这里的 XML 结果有以下元素：

但根据 DTD，这些元素必须至少有一个嵌套元素：

问题：是我遗漏了什么，还是 Pubmed 创建的结果 XML 不符合他们自己的 DTD？

我正在尝试访问 NCBI SRA 数据库，在其中查询 ID 列表并将输出保存到矩阵中。

我正在使用 Bioconductor 的 sradb 包来执行此操作，现在我可以访问和查询数据库，但它真的很慢，我无法弄清楚如何保存循环输出。

文件 GPL11154_GSMs.txt 包含我感兴趣的 ID。它看起来像这样：

我现在拥有的每次迭代都会更新结果。

我正在尝试使用 NCBIWWW 爆炸核苷酸序列

这是第一次运行良好，但是几天后我尝试运行它时出现错误：

我没有更改代码中的任何内容，所以我不明白发生了什么。可能是什么问题？

谢谢！