我正在使用以下命令对 NCBI 数据库和 Silva 数据库执行本地爆破:
blastn -db db/16SMicrobial -query input.fa -out outputNCBI.csv -task blastn -dust no -max_target_seqs 1 -outfmt "10 pident evalue bitscore score seqid stitle staxids scomnames sscinames sskingdom"
blastn -db db/Silva -query input.fa -out outputSilva.csv -task blastn -dust no -max_target_seqs 1 -outfmt "10 pident evalue bitscore score seqid stitle staxids scomnames sscinames sskingdom"
问题伴随结果而来。带注释的分类法完全不同。我已经通过在线爆破手动检查了其中一些,似乎 Silva 给出了正确的结果,这意味着本地 Silva 结果与在线 NCBI 结果一致。
两个数据库都在同一个文件中。这是里面的内容:
@:~/Desktop/db$ ls -a
16SMicrobial.nni Silva_119.fasta taxdb.btd
16SMicrobial.nog Silva_123.fasta taxdb.bti
16SMicrobial.nhr 16SMicrobial.nsd Silva.nhr tax_slv_ssu_123.txt
16SMicrobial.nin 16SMicrobial.nsi Silva.nin
16SMicrobial.nnd 16SMicrobial.nsq Silva.nsq
有谁知道可能是什么原因?
我将不胜感激任何帮助。
问候,伊琳娜