问题标签 [ncbi]

基本上我有这些文件（来自NCBI的medline）。每个都与一个期刊标题相关联。每个都有 0、1 个或多个 genbank 标识号 (GBID)。我可以将每个文件的 GBID 数量与每个期刊名称相关联。我的问题是我可能有多个文件与同一期刊关联，我不知道如何将每个文件的 GBID 数添加到每个期刊的 GBID 总数中。

我当前的代码：jt 代表期刊标题，从文件中正确提取。GBID 会在遇到时添加到计数中。

...到目前为止，执行了第一次搜索，您可以将每个“pmid”视为一个文件，因此每个“获取”一次遍历所有文件...

我的结果：

基本上，我怎么才能说病毒学档案= 15，但是对于任何期刊标题？我尝试了一个哈希，但是第二个病毒学档案只是覆盖了第一个......有没有办法让两个键在哈希中添加它们的值？

完整代码：

基本上我有这些文件（来自NCBI的medline）。每个都与一个期刊标题相关联。每个都有 0、1 个或多个 genbank 标识号 (GBID)。我可以将每个文件的 GBID 数量与每个期刊名称相关联。我的问题是我可能有多个文件与同一期刊关联，我不知道如何将每个文件的 GBID 数添加到每个期刊的 GBID 总数中。

我当前的代码：jt 代表期刊标题，从文件中正确提取。GBID 会在遇到时添加到计数中。

完整代码：

我的结果：

基本上，我怎么才能说病毒学档案= 15，但是对于任何期刊标题？我尝试了一个哈希，但是第二个病毒学档案只是覆盖了第一个......有没有办法让两个键在哈希中添加它们的值？

我有本地数据库驱动的网站，其中包含一些通过其 GI 编号唯一标识的序列。是否可以在给出 GI 的情况下直接链接到“NCBI 爆炸站点”。例如 GI 903049 的序列有这个链接：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/903049

它链接到这个爆炸页面：

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Nucleotides&PROGRAM=blastn&QUERY=U22848.1&DATABASE=nr&MEGABLAST=on&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&LINK_LOC=nuccore&PAGE_TYPE=BlastSearch

我想直接链接到这个网站而不必去NCBI。谢谢。

可能的重复：
SimpleXML 中的属性值选择
SimpleXML：选择具有特定属性值的元素

我正在解析一个 XML 文档并寻找一个特定的 ID。ID 值在属性“pii”下的 ArticleId 元素中提供。原始 XML：

这是整个文档供参考：http ://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=12676398&retmode=xml&rettype=abstract

使用 simplexml_load_file()，我遍历文档以获取值。以下是我如何访问 ArticleId 元素：

问题是 ArticleId 中的属性是随机的。一些 ArticleId 元素在第二个元素中包含“pii”值（如下所示），其他记录在第二个元素中具有不同的属性（“doi”）。

变化：

我正在寻找“S0002...”ID，它在原始 XML 中由属性“pii”标识。

我应该如何检查/获取基于特定属性的值？

这就是我想做的。我有一个基因名称列表，例如：[ITGB1, RELA, NFKBIA]

在 biopython 和 entrez API 教程中查找帮助我想出了这个：

但这不断出错。我发现如果 id 是一个数字 id（尽管你必须将它变成一个字符串才能使用，'186972394' 所以：

这让我得到了我想要的信息，其中包括序列。

所以现在问题： 我如何搜索基因名称（因为我没有 id 编号）或轻松地将我的基因名称转换为 id 以获得我拥有的基因列表的序列。

谢谢，

我已经成功地获得了 xml 格式的 pubmed 结果页面并将内容写入本地文件“Publications.xml”。问题是当我使用 simplexml_load_file("Publications.xml") 时，它失败了。无法弄清楚为什么。

在最后但第二行，解析器失败，我收到消息“不能”。我已经仔细检查了 xml 文件，它看起来状态良好。

如果有人可以让我知道这个的任何解决方法，我将非常感激。这是上面 PHP 脚本尝试读取的 xml 文件的副本 ( http://pastebin.com/U0fEKmZL )：

我在使用 Bio.Entrez 搜索蛋白质时遇到问题。我正在这样做：

我也遇到了 einfo() 的问题，请查看：

为什么不支持蛋白质数据库？有人可以帮我解决这个问题吗？

我有一个带有 GI 编号的文件，想FASTA从 ncbi 获取序列。

该脚本运行良好，但在几个序列后我突然收到此错误消息。

当然我可以使用http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez，但我正在尝试创建一个管道并且想要一些自动化的东西。

如何防止 ncbi “踢我”

我试图获取这里提供的 xml http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/ERX086768?report=FullXml但它有点棘手，因为他们没有提供任何支持。目的是将xml转换为php以便处理xml。

有人可以给个提示吗？

所以我有这个搜索http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Streptococcus+dysgalactiae+subspecies+equisimilis我想获取 rss 提要（不是手动），就像带有 xml 的字符串，但我想用 php 来做。我试图在 ncbi 上搜索一种方法，但我想我不太擅长它..

我必须在html中搜索href吗？或类似的东西在网站上获取 RSS 提要？