问题标签 [ncbi]

我是 python 新手，尤其是 Biopython。我正在尝试从 XML 文件中获取一些信息Entrez.efetch，然后读取它。上周这个脚本运行良好：

但现在我得到一个错误：

所以我运行这个：

但我仍然收到一个错误：

经过一些研究，我意识到 NCBI 对在 xml 文件（GenPept 的）中创建新标签进行了新的更改RefSeq

我是否需要更改 DTD 中的某些内容以支持这些新标签？

在我的脚本中，我正在从网上下载一个 XML 文件并打印它的内容。问题是它在浏览器中没有打印内容，但是在使用时在终端中却成功了

当我使用时还有一件事：

它成功地在浏览器中打印了 xml 的内容，但如果我使用：

它不会在浏览器中打印内容，但会在终端中成功打印内容。

编辑：不工作，如果代码有帮助：

如何在给定染色体的 Genbank 标识符的情况下查询 NCBI 的序列，并使用 Biopython 开始和停止位置？

我正在尝试从此页面中的 ap 元素中检索内容。如您所见，在源代码中有一段包含我想要的内容：

其实我想取状态的价值。这是我的PHP代码。

返回

["nodeValue"]=> 字符串(0) ""

任何想法 ？

谢谢！

我想用不同的序列运行几个 BLAT 查询，然后对结果执行多序列比对。

如何使用 Python 运行这些 BLAT 查询？

我知道有一种方法可以使用 BLAST，但我不确定 BLAT。

我是第一次使用 Biopython。我有来自未知生物的序列数据，并试图使用 BLAST 来判断它们最有可能来自哪个生物。我编写了以下函数来做到这一点：

它工作正常，但需要大约 2 分钟来检索每个物种的有机体，这对我来说似乎很慢。我只是想知道我是否可以做得更好。我知道我可能会创建 NCBI 的本地副本以提高性能，我可能会这样做。但是，我怀疑先查询 BLAST，然后获取 id 并使用它来查询 Entrez 不是要走的路。您还有其他改进建议吗？
谢谢！

当我运行以下命令时；

我得到了一个很难搜索的“Bio.Entrez.Parser.DictionaryElement”。如果我想说获取氨基酸序列，我必须输入这样的内容；

我知道必须有一种更简单的方法来索引这些结果中的元素。如果有人可以帮我解决这个问题，我将非常感激。

我今天遇到了这个，想把它扔在那里。似乎在 NCBI 使用 Biopython 接口到 Entrez，不可能以正确的（与输入相同）顺序返回结果（至少从 elink）。请参阅下面的代码以获取示例。我有数千个 GI 需要获取分类信息，并且由于 NCBI 的限制，单独查询它们非常缓慢。

结果：

NCBI的 elink 文档（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/）说这应该是可能的，但只能通过传递多个 'id='，但这似乎不可能Biopython epost 接口。有没有其他人看到这个或者我错过了一些明显的东西。

谢谢！

我正在从 PubMed Central 解析 XML 文档，有时我会找到带有嵌套表的段落，如下例所示。R中有没有办法获取文本并排除表格？

我想返回没有嵌套表行的段落。

有没有办法GEOSoft在 R 中分析来自 NCBI 的文件中的数据？我尝试将其转换为表达式集，用 拟合它lmFit()，然后使用eBayes()，但是当我topTable()用来查看结果时，调整后P.Values的值在整个列中始终保持不变。

任何帮助，甚至指向正确的方向都将不胜感激。

非常感谢你提前