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我是 python 新手，尤其是 Biopython。我正在尝试从 XML 文件中获取一些信息Entrez.efetch，然后读取它。上周这个脚本运行良好：

handle = Entrez.efetch(db="Protein", id="YP_008872780.1", retmode="xml")
records = Entrez.read(handle)

但现在我得到一个错误：

> Bio.Entrez.Parser.ValidationError: Failed to find tag 'GBSeq_xrefs' in
    the DTD. To skip all tags that are not represented in the DTD, please
    call Bio.Entrez.read or Bio.Entrez.parse with validate=False.

所以我运行这个：

records = Entrez.read(handle, validate=False)

但我仍然收到一个错误：

TypeError: 'str' object does not support item assignment

经过一些研究，我意识到 NCBI 对在 xml 文件（GenPept 的）中创建新标签进行了新的更改RefSeq

我是否需要更改 DTD 中的某些内容以支持这些新标签？

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1 回答 1

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看来我的 DTD 文件已过期。
可以在此处或此处找到新版本。

于 2014-05-07T07:46:28.357 回答