问题标签 [ete3]

我遇到了类似的问题： Theano 导入错误：没有名为 cPickle 的模块

但是使用 ete3 (www.etetoolkit.org)。我降级到 ete2 并且问题消失了，但想使用 ete3 中的功能。

在上面相关stackoverflow帖子中的评论之后，我已经升级到最新版本的'six'（1.10.0），但仍然有这个错误消息：

而且，当我尝试安装 cPickle（使用 sudo 和 -H）时，我得到：

我该如何解决这个问题？

我正在使用 python 中的 ete3 包从我使用随机模型生成的数据构建系统发育树，并且效果很好。我之前已经将这些树编写为 newick 格式，然后使用另一个脚本（带有 Dendropy 包）来读取这些树并对其进行一些分析。这两个脚本都可以正常工作。

我现在正在尝试进行大量此类数据处理，并想编写一个脚本，在其中跳过文件写入。这两种方法都称为 Tree，所以我通过导入 dendropy 方法解决了这个问题，例如：

和 ete3 方法，如：

这似乎没问题。

我的问题是如何将对象从一个包传递到另一个包。我有一个循环，我首先使用 ete3 方法构建树对象，我称之为“t”。然后我的计划是使用 ete3 中的 Tree.write 方法使用“get”方法将树对象传递给 Dendropy 并跳过实际的 outfile 位，如下所示：

但这给出了错误：

欢迎任何想法。

I just started using ete3 and it is awesome.

How can I color the leaves of an ete3 Tree object using a color dictionary? I made "c":None because I don't want the of c to show up.

I want to have better control of the tree render but I can't figure out exactly how to do it.

I saw that there are NodeStyle objects but I think this is for the actual nodes. It looks like this TextFace object is what I need but I don't know how to use it. All the examples are adding labels.

I looked at this question but it was pretty confusing: How to color tree nodes with fixed set of colors?

如何在 ETE3 python 模块中为引导线添加不同的颜色（使用TreeStyle 类中的 guide_lines_color 将叶节点与文本连接）。

谢谢

我在列表中使用 .get_topology 创建了一个系统树，但我无法将科学名称和排名添加到节点。具体来说 ：

我尝试使用：

但它返回空字典。我希望节点在相应的属性下有他们的等级、sci 名称和税号。我究竟做错了什么？

谢谢，阿拉什

我开发了一个二叉搜索树结构，我想添加一些可以可视化树的功能。下面的代码属于二叉搜索树：

您可以测试代码以查看它如何递归遍历树：

对于可视化，我使用了ete库。ete3如果您使用以下代码，则在库中：

你会得到这样的输出：

正如您在上面的代码中看到的，如果我能够tree_format从 BST 结构中创建变量，那么我将能够获得树的可视化表示。
为此，程序必须
1. 以 RLV 格式遍历树。
2. 在遍历过程中，必须使用(), ,和;。
谁能帮我完成代码。
如果有人有任何更简单的方法来可视化 BST，我将非常感激。
感谢你们。

一段时间以来，我一直在非常强大的服务器上使用 ete2 模块。一切都很好，直到它开始变得非常缓慢（get_taxid_translator()每分钟一个功能），现在我什至无法完成ncbi = NCBITaxa()任务。我已经卸载并重新安装了 anaconda2，尝试更新到 ete3，在我们的“开发服务器”上一切正常，但仍然无法通过ncbi = NCBITaxa()我们普通服务器上的任何软件。即使以下脚本也无法完成

这有发生在其他人身上吗？我需要降级任何依赖项吗？会不会是权限问题？当我运行基本脚本时，ctrl+c 或 ctrl+z 都不会转义脚本，我必须使用它kill -9 <job-id>来杀死脚本。如果我等待太久，进程将进入不间断睡眠。

提前谢谢你，亚历克西斯。

Python 2.7.12 :: Anaconda 自定义（64 位）gcc (GCC) 5.4.0

我正在尝试从ete3网站运行代码，但不断收到以下错误：

由于不再支持 qt4（如此处所述），我 brew 安装了 qt5。但是当我再次运行 ete3 代码时，系统仍然显示相同的 ImportError。

有谁知道这个问题的解决方案？

我一直在研究一个包装器ete3，我可以在其中自定义叶标签（即显示哪些叶标签）和节点存在（即显示哪些叶节点）。我遇到的一个问题是定义标签大小。

当我尝试更改fsizein 时TextFace，并没有真正发生 :( 我遇到了一个奇怪的怪癖，其中的标签很大，而树真的很小。

我无法获得实际树状图的比例和标签一起工作以获得一个有凝聚力的数字。

这是一个无法更改iris数据集上的标签大小的示例 下面附上 3 种不同的标签大小：1, 1e2, and 1e4

当标签较长时，我不确定如何将标签大小更改为树大小比率。例如，下面：

我遇到了一个问题，我找不到任何有用的信息。我在 python 中使用 ete3 来自动创建系统发育树图。如果我在我的 ipython 笔记本中执行它，我已经编写了一些非常棒的代码。

但是，当我通过 在终端中运行它时python script.py，我收到以下警告消息：

出现警告后，代码只是卡住了，并没有创建图。我已经尝试更新 glib 库，但没有帮助。

我正在使用的代码是：

这里的目标是创建图形并将其保存到out_dir. 我打电话时发生错误t2.render()，在此之前一切顺利。

有人知道我能做些什么来解决这个问题吗？我已经看过如何解决此错误？Gtk-WARNING **: GModule ... 初始化检查失败：GLib 版本太旧（微不匹配）和相关问题，但找不到答案。

编辑：

调用conda remove glib摆脱了错误消息，但脚本仍然没有完成。 注意：在 ipython 笔记本中执行时，相同的代码正在工作