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我正在使用 python 中的 ete3 包从我使用随机模型生成的数据构建系统发育树，并且效果很好。我之前已经将这些树编写为 newick 格式，然后使用另一个脚本（带有 Dendropy 包）来读取这些树并对其进行一些分析。这两个脚本都可以正常工作。

我现在正在尝试进行大量此类数据处理，并想编写一个脚本，在其中跳过文件写入。这两种方法都称为 Tree，所以我通过导入 dendropy 方法解决了这个问题，例如：

from dendropy import Tree as DTree

和 ete3 方法，如：

from ete3 import Tree

这似乎没问题。

我的问题是如何将对象从一个包传递到另一个包。我有一个循环，我首先使用 ete3 方法构建树对象，我称之为“t”。然后我的计划是使用 ete3 中的 Tree.write 方法使用“get”方法将树对象传递给 Dendropy 并跳过实际的 outfile 位，如下所示：

treePass = t.write(format = 1)
DendroTree = DTree.get(treePass, schema = 'newick')

但这给出了错误：

    DendroTree = DTree.get(treePass)
TypeError: get() takes 1 positional argument but 2 were given

欢迎任何想法。

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DTree.get()仅self作为实际参数，其余通过关键字给出。这基本上意味着您不能将 treePass 作为参数传递给 DTree.get()。

我没有使用这些库中的任何一个，但我找到了一种将数据导入到 dendropy 树here的方法。

tree = DTree.get(data="((A,B),(C,D));",schema="newick")

这意味着您必须以这种格式从 ete3 获取您的树。对于一棵树来说，这似乎并不稀奇，所以在多看几眼之后，ete3 中似乎支持格式，您可以在此处阅读。我相信它是9号。

所以最后我会试试这个：

from dendropy import Tree as DTree
from ete3 import Tree

#do your Tree generation magic here
DendroTree = DTree.get(data=t.write(format = 9),schema = 'newick')

编辑：

随着我阅读的越来越多，我相信应该阅读任何格式，所以基本上你必须添加到你的例子中的所有内容都在data这里：DendroTree = DTree.get(data=treePass, schema = 'newick')

于 2016-06-02T14:00:36.730 回答