问题标签 [dendropy]

我想通过将节点动态添加到 DendroPy 中已经存在的树来创建树。所以这就是我的进展方式，

现在，这将创建一棵小树，其中有两个具有分类标签 8 和 3 的孩子。现在我想将一个新叶子添加到分类标签为 3 的节点。为此，我需要节点对象。

我想在那个时候使用 add child 函数，它是节点的一个属性。

但是，即使在我打印 t1 中的所有节点对象时添加了节点之后，它也会返回初始化它的唯一子节点 8 和 3。请帮助我了解如何在 dendropy 中的现有树中添加节点..

现在如果我们打印 t1 我们会看到树。但即使在添加元素之后，我也找不到添加的对象。例如，如果我们做一个

它没有返回与 5 相关的对象。

我不是程序员，甚至没有高级编程，所以请不要对我的问题生气：D

问题是我是一名生物学家，我刚刚开始学习一点编程（我必须这样做）。我试图使用这个站点dendropy/sumtrees中的描述通过 python安装。

我用

在 c 提示符下，我收到了消息：

有谁能够帮我？（使用您用于猴子的单词来理解量子物理学的基础知识......）提前谢谢你:)

我正在使用 python 中的 ete3 包从我使用随机模型生成的数据构建系统发育树，并且效果很好。我之前已经将这些树编写为 newick 格式，然后使用另一个脚本（带有 Dendropy 包）来读取这些树并对其进行一些分析。这两个脚本都可以正常工作。

我现在正在尝试进行大量此类数据处理，并想编写一个脚本，在其中跳过文件写入。这两种方法都称为 Tree，所以我通过导入 dendropy 方法解决了这个问题，例如：

和 ete3 方法，如：

这似乎没问题。

我的问题是如何将对象从一个包传递到另一个包。我有一个循环，我首先使用 ete3 方法构建树对象，我称之为“t”。然后我的计划是使用 ete3 中的 Tree.write 方法使用“get”方法将树对象传递给 Dendropy 并跳过实际的 outfile 位，如下所示：

但这给出了错误：

欢迎任何想法。

我正在尝试在 python 中创建一个数组，该数组将包含系统发育树上每对节点之间的所有成对距离。我目前正在使用 dendropy 来执行此操作。（我最初查看了 biopython，但找不到执行此操作的选项）。到目前为止，我的代码如下所示：

除了编写提示标签的方式外，这很有效。例如，tree_data 列表中的条目如下所示：

但是 newick 文件中的提示分别只是标记为 ERS135651 和 ERS135335。如何让 dendropy 仅使用原始提示标签编写数组，以便此条目如下所示：

（我还阅读了 dendropy 文档，我知道它说要使用 treecalc 来执行此操作，如下所示：

但我只是收到一个错误，说该命令不存在：

)

关于如何让这个工作的任何建议？

我不确定我是否做错了什么，但我一直在尝试使用birth_death_tree（下面的代码片段：）

我正在使用他们在文档中的 ltt 函数，并用模型树https://pythonhosted.org/DendroPy/library/birthdeath.html替换内置树

血统数量的输出使我在 LTT 图结束时减少了节点数量。这是不可能的，因为模型中的所有节点都应该在完全相同的位置结束，即一个常数。有人能弄清楚为什么会这样吗？

如果我有一个用一些元数据注释的 dendropy 树，例如一些分类法，我如何将带有元数据的整个树转换为 ete3 对象？

我试图直接通过它：

我还尝试编写为 nexml 格式并使用 nexml 解析器表单 ete3 读取它：

但是，nexml 中的树似乎是奇怪的格式，因为 ete3 的 xml 解析器无法识别它。

我使用以下方法在 dendropy 中创建了一个共生距离矩阵：

但是，在阅读了文档并尝试了很多事情后，我无法以可用的方式从对象“pdm”中提取实际矩阵

注意as_data_table这个类有一个我也无法理解的方法