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我有一个通过运行创建的向量列表：

其中 document_list 是我正在分析的 Web 文档的集合。然后我执行层次聚类：

这会生成一个 ndarray，例如：

是否可以将此 ndarray 转换为可以传递给 ete2 Tree() 构造函数的 newick 字符串，以便我可以使用 ete2 提供的工具绘制和操作 newick 树？

尝试这样做是否有意义，如果没有，是否有另一种方法可以使用相同的数据和 ete2 生成树/树状图（我意识到还有其他可以绘制树状图的包，例如 dendropy 和 hcluster 本身但是更愿意使用 ete2 一样）？

谢谢！

我正在使用Django框架构建一个 WebApplication。在服务器端，我正在根据用户使用浏览器给出的输入构建ete2 树。现在我的问题是我需要在客户端（浏览器）中以树格式显示这棵树，每个节点作为超链接（单击以树格式显示的节点应该调用服务器端的函数，将节点名称作为参数传递，这就是我提到的原因它作为超链接）。

我想到的一个解决方案是在视图函数中解析ete2.tree并构建一个包含所有需要的 html 标签的字符串，在浏览器上显示如下所示。

执行此操作的代码： from ete2 import Tree

有更好的方法吗？有什么建议请..

我试图为下面的 HTML 表配置一个解析树，但无法形成它。我想看看树结构的样子！有人可以帮我吗？

编辑

我一直在尝试使用 Python 中的 ete2 软件将不同的图像添加到系统发育树中的节点，但没有成功。

这些是我收到的错误消息：

任何帮助深表感谢！

我正在尝试从给定的树文件中删除一组节点。

这是我的代码：`

arthropods.nw 是一个 newick 树文件，这是一个摘录：

TaxidMap.txt：

问题是当我打印“已删除”列表时，它给了我一个无列表，我意识到树中的节点数仍然 > 输入文件中的名称数有什么建议吗？提前致谢

我有一个对我来说似乎太奇怪的问题。

我有这棵新树：

当我尝试使用 ETE 阅读它时：

一切正常，但现在我想让它分叉，所以新树应该是这样的：

现在我尝试使用与上面相同的语法来阅读它：

我收到了这个错误：

这让我真的发疯了，有人可以帮忙吗？

我的最终目标是制作一个融合热图和系统发育树的图。我已经完成了热图，我还在 BioPython 中找到了 ETE2 包，它可以帮助我合并两种图，但是 ETE2 需要 Newick 格式（树状）而不是距离矩阵（我有）作为输入。有谁知道 BioPython 中的一个模块可以帮助我做到这一点？

我需要存储然后操作（添加新节点、搜索等）一棵树，其中每个节点都是一对 x,y 坐标。我发现 ete2 模块可以处理树，但我不知道如何将节点保存为元组或坐标列表。ete2可以吗？

编辑：

我按照这里的教程http://pythonhosted.org/ete2/tutorial/tutorial_trees.html#trees 创建一个简单的树：

其中 A, B, C 是节点的名称，数字是距离。

或者

我不需要名称或距离，而是需要一棵元组或列表树，例如：

但是最后一个输入返回语法错误，在关于 ete2 的教程中我找不到任何类似的例子。作为一个变体，我认为我可以将坐标保存为属性，但属性存储为字符串。我需要使用坐标进行操作，每次从字符串到浮点数遍历它都很棘手，反之亦然。

我写了一个程序来计算两棵树之间的距离。树已经生根了。

我想确保这些树植根于同一个根或外群。

据我所知，在 ete2 中，一个只能设置根，但无法找到根并将另一棵树的根放在同一棵树上。

我想在一棵树中找到根并在另一棵树中设置相同的根。因此，树木以同样的方式生根。

所以在 t1 中，树根植于以 b 和 c 结尾的外群。我想在同一个组中获得这个外组和 root t2。

有谁知道是否有可能确保树木的根系相同？或者另一个包是否包含这种方法？

ETE2（用于系统发育树探索的 Python 环境）有一个.phonehome()可以在树/节点类对象上调用的方法。这将返回：

如果您想自己测试一下，请尝试：

这是复活节彩蛋吗？