问题标签 [etetoolkit]

我查看了有关模块安装和 Python 文档的其他一些问题，但我无法在 Python 2.7 上成功安装 ete2。

我已经从网站上下载了它，但不知道下一步应该做什么。

我使用 ete2 命令 Tree()、.add_child()、.add_sister() 等在 python 中绘制了一棵树。有什么办法可以将这棵树转换为相应的 Newick 格式？

I just started using ete3 and it is awesome.

How can I color the leaves of an ete3 Tree object using a color dictionary? I made "c":None because I don't want the of c to show up.

I want to have better control of the tree render but I can't figure out exactly how to do it.

I saw that there are NodeStyle objects but I think this is for the actual nodes. It looks like this TextFace object is what I need but I don't know how to use it. All the examples are adding labels.

I looked at this question but it was pretty confusing: How to color tree nodes with fixed set of colors?

如何在 ETE3 python 模块中为引导线添加不同的颜色（使用TreeStyle 类中的 guide_lines_color 将叶节点与文本连接）。

谢谢

这个问题与： 如何从taxid中获取王国、门、类、目、科、属和种的分类特定ID？

那里给出的解决方案有效，但我想为定义的等级定义每个分类 ID 的名称。我在 ete3 上发现了这个可以完成这项工作：

但不是 python 程序员，我没有将它合并到上面链接中给出的代码中。这是我尝试过的：

非常感谢您提供的任何帮助。

我是一个 linux 用户，到目前为止，我已经成功地在 python2 中使用了 ete3。

我为python3安装了ete3，python3找不到某些模块。我相信我已经按照说明安装了所有依赖项。

我可以从 ete3 导入 ete3 和 Tree，但不能导入我目前使用的任何其他东西。

关于如何解决这个问题的任何线索？

如果我有一个用一些元数据注释的 dendropy 树，例如一些分类法，我如何将带有元数据的整个树转换为 ete3 对象？

我试图直接通过它：

我还尝试编写为 nexml 格式并使用 nexml 解析器表单 ete3 读取它：

但是，nexml 中的树似乎是奇怪的格式，因为 ete3 的 xml 解析器无法识别它。

我按照说明安装etetoolkit for mac。

运行时出现错误conda install -c etetoolkit ete3 ete_toolchain

错误：

UnsatisfiableError：发现以下规范与您环境中现有的python安装不兼容：

• ete3 -> python[版本='>=2.7,<2.8.0a0,>=3.5,<3.6.0a0,>=3.6,<3.7.0a0']
• ete_toolchain -> python[版本='>=2.7,<2.8.0a0,>=3.5,<3.6.0a0,>=3.6,<3.7.0a0'

我最近在ete3（在 Python3 上）首次亮相，出于调试目的，我会发现并排显示两棵树很方便，matplotlib.pyplot.subfig例如。但是，我在文档和本网站上都没有找到有关此的信息（这很令人惊讶），并且使用tree.show()总是会停止程序的执行。

所以，是的，如果有人知道如何做到这一点，请告诉我。

谢谢

我正在尝试使用 ETE Toolkit (ete3) 来渲染谱系树（享受其极大的灵活性），并在每个分支点绘制一个文本标签。我正在做

并且（如此处所述）它显示如下标签：

我可以改变AttrFace分支点右侧的位置，这样整棵树就不会拉长吗？

我正在ete3==3.1.2使用Python 3.9.0.