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我有一棵大树，我想为每个叶节点获取到根的路径（所有节点）。

我正在尝试使用 ete2 执行此操作，但树太大而且似乎太慢了。

任何人都可以建议一种更快的方法吗？

这就是我正在做的事情：

我目前正在使用一棵巨大的纽维克树。我正在寻找一种有效的方法来覆盖我拥有的关于节点的其他一些数据。我曾尝试使用 dendroscope 和 ETE，但运气不佳，因为 ETE 无法处理我的树，因为它很大，而且 dendroscope 太基本而无法实现着色。所以我想知道是否有人知道任何有效的方法来可视化我的数据？

（我知道这是一个不合适的问题，所以我在这个问题上已经没有线索了）

我有一棵树，它的一些节点有一个属性'a'我想测试一个给定的节点是否有这个属性，我所做的是

但我得到一个错误 treenode n has no attribute a

有什么方法可以测试吗？

我正在尝试使用以下代码从文件中加载 newick 字符串：

但出现以下错误：

我已经验证了文件格式，没问题。我想我以错误的方式传递变量，请指导我将文件名作为变量传递。

当我将文件名作为字符串传递而不使用变量时，它工作正常，但我需要使用变量值来加载树。

我正在尝试使用 Python 中的 ETE2 模块创建一棵树。我想将 1 个子节点添加到 2 个父节点，以便在显示树时它们都连接到子节点。我是 ETE 的新手，所以如果这是一个简单的问题，请原谅我。代码：

输出是

我从根本上反对这里的树的想法吗？ETE 是否有一种简单的（r）方法来执行我的建议？

如果您需要更多信息来帮助，请告诉我。

我想在 ete2 中为树状图创建自己的布局。我有非常具体的需要按节点自定义树节点（即每个节点都有不同的样式等。）

是否可以将节点的形状设置为矩形（我发现圆形、方形和球体作为选项）？我想为每个节点手动设置长度和高度。

另外，你有使用ete2的经验吗？它对定制有任何限制吗？它似乎是可视化树木的好工具，但我想创建一些更“特殊”的布局。

提前致谢，

L.

我正在尝试使用 python 包 ete2 从我的元胞自动机模型的合成数据输出中制作系统发育树。数据由列为 (parent, child) 的对组成，其中该对的每个成员都是代表突变事件的唯一整数。我已将该对中的每个成员重铸为字符串，并在它们前面加上“r”，所以现在：

('r1' ,'r2') 将表示一个名为 'r1' 的父级产生一个名为 'r2' 的子级。所以输出文件看起来像：

我想遍历列表以使用“add_child”创建树，但不断出现错误。我目前的代码是：

我得到了错误：

如果我用 r1 （或其他东西）替换代码最后一行中的“b”，它可以找到，但当然这并不代表数据......在此先感谢，宇宙。

我遇到了类似的问题： Theano 导入错误：没有名为 cPickle 的模块

但是使用 ete3 (www.etetoolkit.org)。我降级到 ete2 并且问题消失了，但想使用 ete3 中的功能。

在上面相关stackoverflow帖子中的评论之后，我已经升级到最新版本的'six'（1.10.0），但仍然有这个错误消息：

而且，当我尝试安装 cPickle（使用 sudo 和 -H）时，我得到：

我该如何解决这个问题？

我想更改 ETE Toolkit 生成的输出图像上字体的方向：http: //etetoolkit.org

由于某种原因，旋转和方向更改不会影响标签，如下图所示：

在 Jupiter 笔记本上生成此示例的代码如下：

我还想知道是否可以将输出拆分为多行而不是一行？长序列往往会占用巨大的宽度空间，因此将序列拆分为几行是切实可行的。

我有一个出租车清单，如下所示：

我希望从上面的taxids中按顺序获取带有分类ID的文件：

我正在使用包“ ete3 ”。我使用工具ete-ncbiquery告诉您来自上述 id 的血统。（我使用下面的命令从我的 linux 笔记本电脑上运行它）

结果如下所示：

我不知道哪些项目（IDS）对应于我正在寻找的（如果有的话）