问题标签 [dendrogram]

树状图不是常规图。我应该使用 javax.swing.* 库中的任何组件，还是只使用 java.awt.Graphics 绘制它？

我有一个 MySQL 数据库，其中包含一些数据，它与 JSP 页面交互，问题是我必须从存储在数据库中的各种文件中绘制树状图。

我为此找到了一些 Java API，例如 JTree 或其他 API，但我不熟悉 java，所以我想知道是否有替代方法可以使用调用程序或其他东西的 CGI 或 php 页面来实现。

欢迎任何想法或建议。

我使用 R和函数生成了这个树状图。hclust()as.dendrogram()plot.dendrogram()

我使用这个dendrapply()函数和一个局部函数来给树叶上色，效果很好。

我有一个统计测试的结果，表明一组节点（例如树右下角的“ _+v\_stat5a\_01_”和“ ”簇）是否重要或重要。_+v\_stat5b\_01_

我还有一个可以使用的本地函数，它可以dendrapply()在我的树状图中找到包含重要叶子的确切节点。

我想（按照示例）：

1. 为连接“ _+v\_stat5a\_01_”和“ _+v\_stat5b\_01_”的边缘着色；或者，
2. 在“ ”和“ ”rect()周围画一个_+v\_stat5a\_01__+v\_stat5b\_01_

我有以下本地函数（“nodes-in-leafList-match-nodes-in-clusterList”条件的细节并不重要，但它突出了重要的节点）：

在此if块中，我尝试调用dendrapply(n, markEdges)，但这不起作用：

_+v\_stat5a\_01_在我的理想示例中，连接“ ”和“ ”的边缘_+v\_stat5b\_01_将是红色的虚线。

我也试过rect.hclust()在这个if块中使用：

但结果不适用于水平树状图（即带有水平标签的树状图）。这是一个示例（请注意右下角的红色条纹）。生成的东西的尺寸不正确rect.hclust()，我不知道它是如何工作的，以便能够编写我自己的版本。

我很感激任何关于获得edgePar或rect.hclust()正常工作的建议，或者能够编写我自己的rect.hclust()等价物。

更新

自从问了这个问题后，我getAnywhere(rect.hclust())就得到了计算参数和绘制rect对象的功能代码。我编写了这个函数的自定义版本来处理水平和垂直叶子，并用dendrapply().

但是，有某种剪裁效果会删除部分rect. 对于水平叶子（绘制在树右侧的叶子），最右边的边缘rect要么消失，要么比 . 的其他三个边的边框宽度更薄rect。对于垂直叶子（在树底部绘制的叶子），最底部的边缘会rect遇到相同的显示问题。

作为标记重要簇的一种方法，我所做的是减小宽度，rect以便在簇边缘的尖端和（水平）叶子标签之间呈现垂直的红色条纹。

这消除了裁剪问题，但引入了另一个问题，即簇边缘尖端和叶子标签之间的空间只有六个左右像素宽，我对此没有太多控制权。这限制了垂直条纹的宽度。

更糟糕的问题是，x标记垂直条纹在两个元素之间的位置的坐标将根据较大树的宽度（par["usr"]）而变化，而这又取决于树层次结构的最终结构。

我写了一个“更正”，或者更确切地说，一个 hack 来调整这个x值和rect水平树的宽度。它并不总是始终如一地工作，但对于我正在制作的树木，它似乎不会太靠近（或重叠）边缘和标签。

最终，一个更好的解决办法是找出如何绘制，rect这样就没有剪裁了。或者一种一致的方法来计算x任何给定树的树边缘和标签之间的特定位置，以便正确地居中和调整条带的大小。

我也会对用颜色或线条样式注释边缘的方法非常感兴趣。

我有一个 hclust 对象列表，这些对象是由一个变量的细微变化（用于计算距离矩阵）产生的

• 现在我想从这个列表中制作一个共识树。

是否有通用软件包可以做到这一点？我正在通过 maanova 的一些代码破解我的方式，它似乎可以工作 - 但它很丑陋并且需要大量破解，因为我没有进行“正常”引导（它是化学数据）。

/Palle Villesen，丹麦

我正在寻找一个能够在 Java 中绘制数据树状图的库（不计算它们，我可以自己做）..你有什么线索吗？已经尝试通过 Google 搜索它，但没有找到任何不独立的东西（虽然我需要将生成嵌入到我的程序中）。

谢谢！

我有两个树状图，我希望将它们相互比较，以了解它们有多“相似”。但我不知道有任何方法可以做到这一点（更不用说在 R 中实现它的代码了）。

有什么线索吗？

更新（2014-09-13）：

自从提出这个问题后，我编写了一个名为dendextend的 R 包，用于对树状图进行可视化、操作和比较。这个包在CRAN上，并带有一个详细的小插图。它包括cor_cophenetic,cor_bakers_gamma和Bk/等函数Bk_plot。以及tanglegram用于在视觉上比较两棵树的功能。

有没有办法生成树状图，其中图表的每个级别代表一代，并且只有同一父亲的儿子在每个级别连接？

我正在尝试使用 R 的 hclust 和 plot 函数来生成父子血统的树状图。期望的结果是一个树状图，其中每一代儿子都放在同一行，在他们父亲的下面。

我希望 hclust 和“完整”方法允许我使用差异矩阵为同一父亲的儿子分配 0 差异分数，然后将其放置在同一层次级别，与数据集中的任何其他实体无关。这不行，同一层次上还有不同世代的儿子。

任何帮助是极大的赞赏！

以下是一些示例数据：

父亲,儿子
A,C
A,D
A,E
B,F
B,G
C,H
C,I
F,J
F,K
G,L

特工 A 有三个儿子：C、D 和 E；和两个孙子通过C：H和I。

特工 B 有两个儿子：F 和 G；共有三个孙子：J、K、L。

我有一个树状图作为图像给我。由于它不是很大，我可以“手动”将它构造成一个 R 对象。

所以我的问题是，当我只有树状图图像时，如何手动创建树状图（或“hclust”）对象？

我看到有一个名为“as.dendrogram”的函数，但我找不到如何使用它的示例。

（ps：这篇文章是按照我的问题从这里开始的）

非常感谢，塔尔

我正在使用scipy-cluster在某些数据上生成层次聚类。作为应用程序的最后一步，我调用该dendrogram函数来绘制聚类。我使用内置的 Python 2.6.1 和这个 matplotlib 包在 Mac OS X Snow Leopard 上运行。程序运行良好，但最后 Rocket Ship 图标（据我了解，这是 python 中的 GUI 应用程序的启动器）出现并立即消失，没有做任何事情。什么都没有显示。如果我在通话后添加一个“raw_input”，它只会在扩展坞中永远上下弹跳。如果我从终端运行一个简单的 matplotlib 示例应用程序，它运行良好。有没有人有这方面的经验？

我想修改从 hclust 对象的绘图产生的树状图中叶子的属性。最低限度，我想更改颜色，但您可以提供的任何帮助将不胜感激。

我确实尝试用谷歌搜索答案，但我看到的每个解决方案似乎都比我想象的要困难得多。