问题标签 [dendrogram]

我正在尝试使用这个很棒的 D3 布局来可视化一个集群树！但是，它需要 JSON 格式的数据 - 我如何从hclust-objectR 中的 a 转到分层 JSON 结构？

我的谷歌搜索出现了这个hclustToTree函数，它返回一个看起来很有希望的列表 - 但我真的不知道从那里去哪里。任何建议将不胜感激。

使用 的heatmap函数made4，我从示例文件中制作了这个热图树状图：

如何为热图边缘的样本添加一组标签，如图所示？

在这种情况下，标签是与热图第一列和顶行相邻的正方形，用于表示每个样本的标签，以便可以查看标签是否与热图/树状图显示的聚类相对应。在这个特定的情节中，他们选择使这些标签与树状图簇的颜色完全对应，但不一定要这样，我正在寻找一种方法来向样本添加一个通用的列和行标签可能不对应于应用树状图的特定阈值产生的聚类。

heatmap函数和khan数据来自made4：

见http://www.bioinf.ucd.ie/people/aedin/R/pages/made4/html/heatplot.html

我很高兴使用heatplot可以绘制相同事物的替代方法，即基于层次聚类的带有两个树状图的热图。heatplot只是一个例子。

当我heatmap.2像@HeatherTurner 建议的那样尝试时，我得到了这张图片（不知道如何关闭矩阵上的行/列标签以使其不那么聚集）：

热图看起来已损坏。这是用一个小数据集重现这一点的代码：

这会产生：

是什么导致了这些损坏的热图？

更新：抱歉，我认为热图没有损坏，只是trace列所在的列导致通过热图绘制青色线。设置trace=none解决了这个问题。

ps 它看起来像heatmaphas RowSideCols，这可能是相同的论点？

我有这个简单的代码来绘制树状图，但该功能ylim似乎不起作用。因此，无论我将其设置为什么，绘制时它的范围都是 [0,0.5]。

绘制树状图时我应该使用另一个参数来设置 ylim 吗？

我对 D3 很陌生，所以如果这是一个非常基本的问题，我深表歉意。我希望实现一个显示层次聚类算法结果的树状图。这种布局与我能够找到的示例有一个主要区别：除了树的叶子之外，节点没有任何身份，而只是在相对于它们的相似性的特定高度连接子树。

例如看：

http://r.789695.n4.nabble.com/file/n2293207/Dendrogram.jpeg

与http://bl.ocks.org/mbostock/4063570相比，此树状图不具有“n 部分性质”（为每个节点级别定义的层）。

因此，问题是如何定义具有任意子树连接位置的树状图？

谢谢

托马斯

编辑：

它似乎没有预期的那么困难，也不需要开发新的布局。在我的输入数据中，我包含了一个带有计算出的连接高度的附加参数。一个示例 json 文件将是这样的：

然后，在计算节点对象时，使用 map 转换 y 值：

其中 cluster 是您的集群布局对象，而 scale 是树状图高度的合适比例。

R问题：我想使用一列中x坐标和第二列中y坐标的数据框来填充矩阵。然后将使用该矩阵heatmap()来创建树状图。

这是一个例子：

如果可能的话，我还需要知道如何制作矩阵。数据框的最大值是 15,490，所以我猜矩阵必须是 15,490 x 15,490。由于矩阵如此之大，我猜它必须用 NA 而不是零填充？

我想在 R 中创建一个具有彩色分支的树状图，如下所示。

到目前为止，我使用以下命令来创建标准树状图：

我应该如何修改此代码以获得所需的结果？

在此先感谢您的帮助。

我正在尝试对从科学数据产生的数据矩阵进行聚类。我知道我希望如何完成聚类，但不确定如何在 R 中完成这一壮举。

以下是数据的样子：

请考虑 A1、A2、A3 是单个处理的三个重复，B 和 C 也是如此。Sample1 是不同的测试变量。所以，我想对这个矩阵进行层次聚类，以查看列之间的所有差异，特别是我将制作一个树状图（树）来观察列的相关性。

有谁知道如何适当地聚集这样的东西？我试着这样做：

...但是，这导致每个样本变量都有一个分支，而不是每一列。感谢您的任何建议！

使用以下 6 个意大利城市之间的距离矩阵：

R 会输出它聚集它们的顺序吗：例如，单链接会告诉你：

重要的是我得到一个数字输出而不是从树状图中读取它。

我正在使用 HAC（分层凝聚聚类）。我有一个树状图，我正在尝试将元素保存到文件中，以进行后验分析（通过集群为元素分配代码）。

我有一个递归函数，它采用树状图的一个分支并返回一个元素列表。

我的问题如下，当函数返回列表时，它只包含我分支的一个元素，尽管它正确地附加了每个元素。这是我的代码：

在哪里：

• lista：是树状图分支
• elementos：是结果列表（包含所提供分支的所有元素）

如果调用该函数，则结果是一个包含一个元素（第一个叶子）的列表：

任何建议都将受到欢迎。

此致，

弗拉基米尔。

我正在尝试创建一个树状图，我的样本是否有 5 个组代码（作为样本名称/物种/等，但它是重复的）。

因此，我有两个问题需要很大的帮助：

• 如何在叶标签（而不是样本编号）中显示组代码？

• 我希望为每个代码组分配一种颜色并根据它为叶子标签着色（可能会发生它们不在同一个进化枝中，这样我可以找到更多信息）？

是否可以使用我的脚本来执行此操作（ape 或 ggdendro）：

替换我的 read.table 的随机数据框：