问题标签 [dendrogram]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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r - 如何使用 agnes 生成标记的树状图?

使用以下代码:http ://en.wikibooks.org/wiki/Data_Mining_Algorithms_In_R/Clustering/Hierarchical_Clustering

以下是如何生成树状图:

我收到一个错误

错误是:

agnes 的这种实现有效,但它为树状图生​​成编号标签:

树状图:

在此处输入图像描述

生成的树状图http://en.wikibooks.org/wiki/Data_Mining_Algorithms_In_R/Clustering/Hierarchical_Clustering包括标签:

在此处输入图像描述 这是数据文件:

如何根据上述数据生成与上面标记的树状图相同的标记层次聚类?

更新 :

在遵循@sgibb 的建议后,我使用了这个:

正在生成的树状图现在是:

在此处输入图像描述

这是一个不正确的结构。也许是因为我的数据集的列名显示为 1,2,3,4,5,6 并且没有标记,如果是这样,我该如何修改导入语句?

导入的数据集:

在此处输入图像描述

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r - R中使用ape包的标签和颜色叶树状图(系统发育)

在上一篇文章(r 中的标签和颜色叶树状图)之后,我有一个后续问题。

我的问题与提到的帖子相似,但我想知道是否可以使用猿来完成(例如,plot(as.phylo(fit), type="fan", labelCol)因为它具有更多类型的系统发育。

提到的帖子问题是:

  • 如何在叶标签(而不是样本编号)中显示组代码?

  • 我希望为每个代码组分配一种颜色并根据它为叶子标签着色(可能会发生它们不在同一个进化枝中,这样我可以找到更多信息)?

代码示例是:

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python - 如何调整树状图的y轴大小

scipy.cluster.hierarchy as sch在进行层次聚类后用来绘制树状图。问题是聚类发生在树状图的顶部,介于 0.8 和 1.0 之间,这是 y 轴上的相似度。我怎样才能将所有图形从 0“剪切”到 0.6,而在图形上没有发生任何“有趣”的事情?

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d3.js - 树状图示例似乎不完整?

在这个 d3.js 示例中,显示了一个树状图。

源代码已发布,但似乎不完整?这个树状图可以用小提琴渲染吗?这个例子的数据格式是什么?

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javascript - d3.js 树状图,叶子呈现为键值对

使用 d3.js 并且我有分层数据并使用这个示例d3 树状图,它几乎满足了我的需求,但是我需要显示一个表格,而不是作为叶子的文本字符串。数据遵循以下模式:

我希望叶子被渲染成这样:

d3 示例有这个片段,它将叶子显示为文本字符串。我不知道如何重新设计或替换代码以显示表格:

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r - R中树状图的特征提取

假设您有以下矩阵:

你做一个树状图说你想要的任何方式,但这是我所做的,其中 cmat 是上面的自定义矩阵:

自定义矩阵上的聚类树状图

基本上我想知道哪些功能会导致哪些中断。假设我们在 1.5 以上进行聚类,我们可以使用代码查看:

这些产生: 在 h=1.5 时树状图的上树切割

但请注意它是如何具有任意名称“批次”的......我想知道:

5 的哪个特征导致第一次中断?然后下一个?有任何想法吗?如何编码?谢谢!!

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javascript - 多个“d3.js Dendrogram”节点可以指向同一个叶节点吗?

我已经根据以下示例启动了一个新的 JavaScript 项目:http: //bl.ocks.org/mbostock/4063570

到目前为止,d3 树状图的一切都很棒,除了我的数据可能总是包含重复的叶子(终端节点)。在我的数据中,只有叶子可能包含重复数据。在 d3 发挥作用之前,所有内部节点(根和叶之间)都是严格区分的。

我可以在节点名称 (d.name) 中添加一些内容以使每个节点完全唯一,但我宁愿“重用”叶节点并尽可能让所有内部节点指向并共享单个叶。

有没有人知道如何做到这一点?

提前谢谢了!德鲁·巴菲尔德

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r - R中的树状图。如何按每个集群创建新表

在此处输入图像描述

我想从这个树状图中制作一些表格。我有 10 个集群,每个集群都有以观察编号表示的元素(我可以细化树状图底部的观察编号)。因为我可以将树状图打印为 pdf 文件,所以我可以通过拖放复制所有观察编号。

现在的问题是,如何通过观察数字制作数据表?我想制作列与树状图原始数据“na.college”相同的表。

我想制作第二个集群的数据表,但我不知道该怎么做。

如果您有任何答案,请告诉我。

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python - 如何在 python 中使用 scipy 为树状图中的部分链接着色?

我可以在 Python 树状图中为标签着色,但我不知道如何为属于其标签的链接部分着色。我想做这样的事情:

http://winedarksea.org/wp-content/uploads/2009/11/PCCovariance1and2WardDendrogram1-815x1024.jpg

在 Python 中可能吗?

这里我只给标签上色:

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numpy - 层次凝聚聚类的实现

我是新手,只想为 RGB 图像实现分层凝聚聚类。为此,我从图像中提取所有 RGB 值。然后我处理图像。接下来我找到它的距离,然后开发联动。现在,我想从链接中提取具有索引 id 的指定索引上的原始数据(即 RGB 值)。这是我到目前为止所做的代码。

基于第 4 列的一致性。我选择截止值的最小值以获得最大集群。

我得到了这样的结果

意味着集群 6 包含 6 和 11 个叶子的索引。现在在这一点上,我坚持如何映射这些索引以获取原始数据(即 rgb 值)。图像中每个像素的每个 rgb 值的索引。然后我必须生成码本来实现聚集聚类。我不知道如何处理这项任务。读了很多东西,但没有任何线索。