问题标签 [dendrogram]

我正在根据我的数据制作一个聚类图。我已经完成了整个情节，但我的标签文本太大，无法正确阅读情节。任何人都知道如何使标签更小。

我正在使用包“sparcl”，我的功能是：

如您所见，分支文本太大，它们相互重叠。我希望叶子的文字小 25%。我已经查看了 Sparcl 包的文档，但这似乎不起作用。

我正在创建 Mike Bostock 的分层边缘捆绑图的修改版本：

http://mbostock.github.com/d3/talk/20111116/bundle.html

但我想制作跨越某些数据组的弧线，如下所示：

我目前只是硬编码弧的长度，但我想动态地做。我怎样才能做到这一点？这是我当前的代码：

我在 R 中有一个树状图，其中每片叶子都有一个值。我喜欢通过对其子节点的值求和来定义每个节点的值。我熟悉 dendrapply，但是我不知道如何在函数中访问节点的子节点以及如何递归地编写函数。

这是开始的代码：

我正在尝试使用大数据制作树状图

我正在使用stats，phyclust库，

hclust工作正常，我可以绘制它并正确绘制它。在我使用该as.dendrogram功能后，它不会给我一个错误。但是当我要么：

• 尝试绘制它
• 用于dendrapply应用功能。

它说：

as.dendrogram 的问题是无法处理大型数据集（~30000）吗？如果是这样，是否有替代方案？

我已经根据归一化值的数据集生成了一个聚类图，但我想尝试沿 y 轴对样本进行重新排序。在谷歌搜索后，我没有找到太多关于如何去做的信息。到目前为止，以下是我的代码：任何帮助将不胜感激。

另外，有谁知道如何为一个特定轴的标签设置字体大小？

我正在尝试从hclust函数输出中绘制树状图。我希望树状图是水平排列的而不是默认的，可以通过（例如）

我尝试使用as.dendrogram()类似的功能，plot(as.dendrogram(hc.poi),horiz=TRUE)但结果没有有意义的标签：

如果我使用plot(hc.poi,labels=c(...))which is without the as.dendrogram()，我可以传递labels=参数，但现在树状图是垂直的而不是水平的。有没有办法同时水平排列树状图并分配用户指定的标签？谢谢！

更新：作为 USArrests 数据集的示例，假设我想使用州名称的前两个字母的缩写作为标签，以便我想以某种方式传递labs给绘图函数：

labs = substr(rownames(USArrests),1,2)

这使

我正在使用MATLAB，并且我有一个邻接矩阵：

这不是完全连接的。节点{1,2,5}是连接的，并且{3,4,6}是连接的（边是有向的）。

我想在单个图上的树状图中看到单独的簇。由于没有从一个集群到下一个集群的路径，我希望看到每个集群具有不同根的单独树。我正在使用命令：

分层聚类建议使用这些命令。并附上结果：imageDendrogram。除了标签没有意​​义之外，整个树是连接的，我连接弄清楚如何有几个断开连接的树来反映数据的断开连接性质。我想避免使用多个图，因为我希望使用可能具有许多不相交集群的较大数据集。

有没有办法动态设置 D3.js 集群的高度，使其具有可能的最小高度（即在树状图的边缘开始被切断或节点开始重叠之前的最小高度）？

是否可以为 Scipy 的树状图的叶子标签分配颜色？我无法从文档中弄清楚。这是我到目前为止所尝试的：

谢谢。

我发现能够使用与str.dendrogram. 我编写了自己的函数，这种方法很有效，但重复努力是没有意义的。那么，有人知道已经这样做的任何软件包吗？或者一种从任意嵌套列表轻松创建假树状图或 hclust 对象而无需实际聚类的方法？

谢谢。