问题标签 [dendrogram]

我有一棵树的叶子列表和我希望它们合并的高度，即它们最近的共同祖先的高度。假设所有叶子的高度为 0。玩具示例可能如下所示：

我想绘制一棵代表这些数据的树。我知道 R 可以绘制来自hclust. 如何将我的数据转换为由返回的格式hclust或其他易于绘制的格式？

编辑添加图表：

上述数据集的树如下所示：

我有一个 data.frame 对象。举个简单的例子：

实际数据中有更多的行和列。我怎么能像这样创建树状图的嵌套树结构对象：

我想整理一个更值得出版（也更容易制作）的图表版本，我在下面一起破解了：

基本上，它是一个由两部分组成的插图，左侧是 HTML 表（显示来自不同参数的不同集群分配），右侧是修改后的树状图。

我猜从快照中我想添加到情节中的内容很明显......基本上它可能是一组水平的堆叠条，显示不同的参数如何将观察分组到不同的集群中。我在手工绘制这些时使用括号和簇编号，但是任何强调正确观察编号的东西都是可以接受的。

我意识到这个问题有两个部分：当其中一个面板是 HTML 而不是图形时，如何获得二合一布局，以及如何修改绘图。[如果这里只回答了一部分，我可以在另一个问题中询问另一部分。]

我正在尝试以与使用包“ape”绘制树时相同的“样式”绘制凝聚聚类（带有 Agnes 的 UPGMA）的结果。我在下图中包含了一个简单的示例

关键问题是我希望能够根据叶子标签中的 a 模式为树状图的叶子着色。我尝试了两种方法：要么我使用，要么hc2Newick使用 Joris Meys 在Change Dendrogram Leaves 的答案中提出的代码。两者都没有给出令人满意的输出。可能是我也不完全理解树状图的构建方式。abundance.agnes.ave可以在https://www.dropbox.com/s/gke9qnvwptltkky/abundance.agnes.ave上找到对象的 ASCII 保存（从运行 agnes 中存储） 。

当我使用第一个选项（hc2Newick 来自 bioconductor 的ctc包）时，我在使用此代码时得到下图：

这显然不理想，情节的“对齐”不是我想要的。我想这与分支长度计算有关，但是我不知道如何解决这个问题。当然，与 colLab 函数的结果相比，它看起来更像是我想要报告的树状图样式。此外，use.edge.length=T在上面的代码中使用确实会给出一个未正确“对齐”的聚类：

使用 Joris Meys 的 colLab 函数和以下代码的第二种方法给出了下图

这个情节越来越接近我想要的，但是我不知道为什么叶子上会出现空心圆圈以及如何去除它们。

任何帮助深表感谢。

亲切的问候，

调频

我正在做聚类分析并创建一个树状图。我使用ggdendrogram了 package 并想在ggplot2. 我想知道如何获得与叶标签相同的 x 标签。谢谢

我在文件中存储了以下一组数据stations.dat：

通过使用以下命令，

我得到下图：

所以集群 1 的组件是 4,3,1（分别是站 D、C 和 A），集群 2 是 5,2（站 E 和 B）。

我想把车站的名字放在情节上，但如果我使用命令：

我得到的图如下：

如何将数据与各自的名称相关联并在树状图中绘制。我有 144 个电台数据。我只用了 5 个来说明。

我有一家公司的数据，我想通过树形图进行可视化。这意味着，我将他们的品牌嵌套在类中，嵌套在子组中，嵌套在部门中（http://www.bayer.com/en/products-from-a-to-z.aspx#B）。

尽管 stackoverflow 上有很多关于如何创建树状图的线程，但我没有找到适用于我的数据的代码片段（例如如何将 data.frame 转换为树状结构对象，例如 dendrogram）。

编辑：如果我是对的，“树状图”在这种情况下不是正确的术语，因为我没有/考虑任何距离测量。这样我使用更通用的术语“树形图”

我很感激任何帮助。

我想创建一个带有水平标签的树状图，但是让叶子根据它们的高度悬挂，而不是仅仅下降到图的边缘。

例子：

关于如何编程的任何建议？

谢谢。

我不是聚类分析方面的专家，因此对那里的所有“特殊”贡献包并不熟悉。因此，我只是像这里一样使用基本例程作为我被要求制作的一个快速示例。

问题是我的数据集大约有 7800 个观察值，因此叶子标签过于繁多，使整个 x 轴混乱。那么，我怎样才能抑制标签的绘制呢？我猜必须有一些“异国情调”的参数可以通过par()控制这个来访问？

从一个hclust对象中，如何仅提取选定的观测值（to_plot如下）并从这些选定的观测值中绘制一个树状图？我想绘制为树状图的这个观察子集与hclust对象的树结构不对应，因此我无法从树状图中提取分支。

注意。我不希望使用所选观测值的子集来聚类或计算距离矩阵

数据

1/hclust对象

2/要提取的观察子集以绘制为树状图