问题标签 [dendrogram]

我是 scipy 的新手，但我设法得到了预期的树状图。我还有一些问题；

1. 在树状图中，一些点之间的距离是0但由于图像边界不可见。如何去除边框并将 y 轴的下限设为-1，使其清晰可见。例如，这些点之间的距离是0(13,17), (2,10), (4,8,19)
2. 如何在特定距离上修剪/截断。例如修剪0.4
3. 如何将这些集群（修剪后）写入文件

我的python代码：

树状图：

谢谢你。

我遇到过这种对给定的时间序列数据集执行层次聚类的图。有人能告诉我如何绘制这样的情节吗？

我对R使用 Javascript 或 Javascript 的实现持开放态度，尤其是使用d3.js.

我已经编写了自己的聚类例程，并希望生成树状图。最简单的方法是使用 scipy dendrogram 函数。但是，这要求输入与 scipy 链接函数产生的格式相同。我找不到如何格式化输出的示例。我想知道是否有人可以启发我。

我想为海洋生物学课程制作一个简单的系统发育树作为教育示例。我有一个分类等级的物种列表：

我想得到一个树状图（聚类分析），并使用 Domain 作为第一个切割点，Kindom 作为第二个，Phylum 作为第三个，等等。应该忽略缺失值（没有切割点，而是一条直线）。组应用作标签的着色类别。

我有点不确定如何从这个数据帧中制作一个距离矩阵。R有很多系统发育树包，他们似乎想要newick数据/DNA/其他高级信息。因此，我们将不胜感激。

我想将 hclust-dendrogram 从 R 导出到数据表中，以便随后将其导入另一个（“自制”）软件。str(unclass(fit))提供树状图的文本概述，但我正在寻找的实际上是一个数字表。我看过 Bioconductor ctc 包，但它产生的输出看起来有些神秘。我想要类似于这张表的东西：http ://stn.spotfire.com/spotfire_client_help/heat/heat_importing_exporting_dendrograms.htm 有没有办法从 R 中的 hclust 对象中得到它？

我正在使用 Scipy 进行层次聚类。我确实设法使用 fcluster 在阈值上获得平坦的集群。但我需要可视化形成的树状图。当我使用 dendrogram 方法时，它适用于 5-6k 用户向量。但我的数据分析器由 16k 个用户向量组成。当我为 16k 用户运行它时，树形图函数会引发以下错误：

关于为更大的数据服务器可视化树状图的任何想法？

我对 d3.js（和一般的 SVG）非常陌生，我想做一些简单的事情：带有角度连接器的树/树状图。

我已经从这里蚕食了 d3 示例：http ://mbostock.github.com/d3/ex/cluster.html 我想让它更像这里的 protovis 示例：

• http://mbostock.github.com/protovis/ex/indent.html
• http://mbostock.github.com/protovis/ex/dendrogram.html

我在这里开始了：http: //jsbin.com/ugacud/2/edit#javascript,html，我认为这是错误的以下片段：

但是没有明显的替代品，我可以使用d3.svg.line，但我不知道如何正确集成它，理想情况下我想要一个弯头连接器....虽然我想知道我是否为此使用了错误的库，因为我见过的很多 d3 示例都是使用引力来绘制物体而不是树。

我在 D3 中使用标准的树状图布局：

http://mbostock.github.com/d3/ex/cluster.html

但是我希望将子节点固定到它们“代”的位置，例如，vis.visualization 将出现在与 vis.operator 相同的 X 坐标上，同样，operator.IOoperator 将直接出现在 operator 下方。标签。

节点链接树就是这样做的，所以也许我会在那里找到答案：http: //mbostock.github.com/d3/ex/tree.html

对，有一个布局可以做到这一点...... http://mbostock.github.com/d3/talk/20111018/tree.html

亲爱的居民 R 天才们，

我想在没有标记叶子的树状图中为簇的分支着色。

我在 Stackoverflow 上找到了以下脚本：

我已尝试将其按如下方式适应我的数据，但没有成功。

我怀疑是 n 引起了问题，但我不确定我应该放什么而不是 n。由于论文截止日期迫在眉睫，我将不胜感激任何建议。谢谢，-伊丽莎白

给定一个像Dendrogram示例（来源）这样的树形图，如何将标签放在边缘上？绘制边缘的 JavaScript 代码如下所示：