问题标签 [dendrogram]

试图用这个找到的代码块创建一个树状图，它一直工作到调用：

然后喷出错误：

RPy_RException：dist（t（mt））中的错误：（列表）对象不能被强制输入'double'

直到那时它看起来都很好......我可能错过了一些非常简单的东西

有什么帮助吗？

我已经找到了几个关于如何创建这些确切层次结构的示例（至少我相信它们是），如下所示stackoverflow.com/questions/2982929/ 效果很好，并且几乎可以执行我正在寻找的内容。

[编辑]这是Paul代码的简化版本，现在应该更容易有人帮助将其放入径向集群而不是当前的集群形状

但我需要一个径向集群，而不是树状结构，如下图所示。

这是 scipy-cluster 生成的 Dendrogram 的后续内容不显示。

当dendrogram()返回带有正在拾取的键ivl, leaves, color_list, icoord的字典。pyplot在将标签和叶子长度传递给之前如何修改它们pyplot？

做类似的事情：

似乎不影响它。

叶长应该是这样的：

我已经在 J​​UNG2 上工作了一段时间，试图将一组对象的非常复杂的层次结构可视化。不幸的是，这种层次结构并不像一棵树，因为：

1. 一些节点将有多个父节点。此外，这些父母可能在树的不同分支上。
2. 一些节点可能有重复（这是必须允许的，我不能忽略它们）

截至目前，我正在使用SparseGraph; 将所有节点放入图中，绘制有向的子/超级关系，并在节点之间复制为无向边。然后按照MinimumSpanningTreeDemo源代码，我创建一个MinimumSpanningTreeForest2对象，并将其发送Forest到TreeLayout. 长话短说，我得到了布局，但是它们大约有 15000 像素宽！由于我不以交互方式使用这些图表，而是将其用作静态图像，因此在报告中使用这根本不可行。

我意识到如果有太多并排的节点，节点标签会占用相当多的空间，所以我想我可以旋转标签并让它们垂直。这惨遭失败，我设法使用扩展的自定义类来旋转标签DefaultVertexLabelRenderer，但是当我将旋转设置为时，Math.PI/2我根本看不到标签！所以这是我的问题：

1. 是否可以强制布局更苗条？我想制作类似树状图的东西，据称可以使用 JUNG2。这真的可能吗？在那种情况下怎么办？
2. 我是否认为应该可以垂直渲染节点标签？我试图改变课堂上的锚点，VertexLabelAsShapeRenderer但仍然没有快乐。说到事情；RenderersRendererContext和实际渲染的对象之间的联系真的很模糊。有很多类，我很难弄清楚哪些是实际用于渲染的。例如BasicVertexLabelRenderer，默认情况下似乎根本不使用它。因此，标签的整个定位只是神秘的......

我知道 JUNG 开发人员已经在库中投入了数小时的辛勤工作，我不想听起来苦涩或不感激，但我真的认为本教程与弄清楚演示如何编写以及渲染如何工作之间存在很长的差距。

任何状况之下; 这是我创建图表的代码的一部分：

我有用 Java 编写的聚类代码，我可以从中创建一个嵌套的树结构，例如，下面显示了树的一小部分，其中两个“isRetired”对象在第一次迭代中被聚类，并且该组与“setIsRequired”聚类"在第五次迭代中。簇中对象之间的距离显示在括号中。

我更愿意以更传统的树状图风格呈现我的结果，看起来 R 有一些不错的功能，但由于我对 R 知之甚少，我不清楚如何利用它们。

我是否可以从 Java 将树结构写到文件中，然后用几行 R 代码生成树状图？在 R 程序中，我想做类似的事情：

1. 从文件读入数据结构（“hclust”对象？）
2. 将数据结构转换为树状图（使用“as-dendrogram”？）
3. 使用“绘图”显示树状图

我想问题归结为 R 是否提供了一种从文件中读取并将该字符串输入转换为（hclust）对象的简单方法。如果是这样，输入文件中的数据应该是什么样的？

我想为我在 Java 中生成的一些凝聚集群显示漂亮的树状图。我将集群写入 Newick 格式的文件中。然后，我可以得到一张几乎是我想要的漂亮照片。

不幸的是，X 轴不是我想要的。我更喜欢“反转”轴，因为聚类的迭代从右到左进行，例如firstName并setFirstName在第一次迭代中得到聚类。有谁知道我该怎么做，或者至少关闭 X 轴标签？（无论如何，默认轴试图告诉我什么？）

我已经实现了一种算法来解决图中的聚类问题。我使用 python 库“python-graph”来表示图形。现在，在我计算的每一步（算法是迭代的）我必须绘制树状图的一部分。事实上，该算法是分裂的，从原始图开始计算集群。现在，我不知道用什么来绘制树状图（有人建议使用 PIL，但我正在寻找简单的东西，但我不知道如何使用 PIL）......你能建议一些东西并告诉我如何用它做情节吗？

注意：我阅读了其他问题，但似乎一切都使用使用自动计算集群的方法......这不是我想要的：我需要手动绘制树状图或至少找到一种方法来表示计算的集群被绘制。

谢谢！

我正在寻找一种方法来进行一些数据聚类分析。这超出了我的范围，但我知道这是可以做到的。我正在寻找对我拥有的数据进行聚类并以可视化方式呈现的方法。想到的一个是树状图，但我也愿意接受其他建议。

是否有任何已经编写的脚本或类可以帮助我完成这项任务？我更喜欢呆在 LAMP 内。

谢谢。

For the life of me I cannot understand why this method is failing, I would really appreciate an additional set of eyes here:

The error that I get is: row dendrogram ordering gave index of wrong length

If I don't include the distfun, everything works really well and is responsive to the hclust function. Any advice would be greatly appreicated.

我一直在尝试在 R 中为一些微阵列数据生成热图，并且大多数情况下已经成功地根据在线指令生成了一个热图，但它并没有完全符合我的要求。我想要的是基于皮尔逊距离而不是欧几里得距离对数据进行聚类，但我遇到了一些困难。

使用 heatmap2（来自 gplots 包）我使用以下代码来制作我的初始热图：

Test402 是一个有 402 行（基因）和 31 列（患者）的矩阵，data.test.factors 是每个患者所属的结果组的指标。在这里使用 hclustfun 效果很好，热图似乎对方法和整体工作的变化有反应。问题是，聚类距离都是欧几里得距离，我想把它改成皮尔逊距离。所以我尝试以下方法：

上述命令失败。那是因为 Test402需要是方阵。因此，查看一些其他建议，我尝试了以下方法：

这行得通，但问题就在这里。热图现在只显示相关性，而不是 TEST402 中的原始表达式值。这不是我想要的！我想要这个，我只希望树状图以不同的方式聚类，我不想改变热图中实际表示的数据！这可能吗？