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我正在尝试使用以下代码从文件中加载 newick 字符串：

filename = templist[1].lower().replace(" ","") + ".nwk"
tt = Tree(filename, format=1)

但出现以下错误： 

 tt = Tree(filename, format=1) # Loads a tree structure from a newick string. The returned variable tt is the root node for the tree.
  File "/python2.7/dist-packages/ete2-2.2.1072-py2.7.egg/ete2/coretype/tree.py", line 225, in __init__
    read_newick(newick, root_node = self, format=format)
  File "/python2.7/dist-packages/ete2-2.2.1072-py2.7.egg/ete2/parser/newick.py", line 237, in read_newick
    'Unexisting tree file or Malformed newick tree structure.'
ete2.parser.newick.NewickError: Unexisting tree file or Malformed newick tree structure.

我已经验证了文件格式，没问题。我想我以错误的方式传递变量，请指导我将文件名作为变量传递。

当我将文件名作为字符串传递而不使用变量时，它工作正常，但我需要使用变量值来加载树。

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1 回答 1

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你确定format=1是正确的吗？

根据文件-

对于命名的内部节点，我们将使用格式 1

您确定您的 newick 树已命名内部节点吗？如果没有，请尝试不向format参数传递任何值。

另外，请确保文件名是absolute文件的路径，或者如果是它的相对路径，例如a.nwk，请确保该文件存在于您运行 python 脚本的目录中。

于 2015-06-20T05:31:51.467 回答