python - 矩形作为 ete2 中的 NodeStyle 形状

Question

我想在 ete2 中为树状图创建自己的布局。我有非常具体的需要按节点自定义树节点（即每个节点都有不同的样式等。）

是否可以将节点的形状设置为矩形（我发现圆形、方形和球体作为选项）？我想为每个节点手动设置长度和高度。

另外，你有使用ete2的经验吗？它对定制有任何限制吗？它似乎是可视化树木的好工具，但我想创建一些更“特殊”的布局。

提前致谢，

L.

Answer 1

NodeStyle 仅支持填充矩形。但是，您可以通过在节点的右分支位置添加一个RectFace来获得相同的效果和更多的控制。许多其他配置可用。例如：

from ete2 import Tree, RectFace, TreeStyle, AttrFace
tree = Tree()
tree.populate(10)

# Disable auto tip names
ts = TreeStyle()
ts.show_leaf_name = False

for node in tree.traverse():
    # disable default node shapes
    node.img_style["size"] = 0
    # add a custom rect shapes to nodes
    rectF = RectFace(10, 10, "blue", "white")
    rectF.margin_right = 5
    node.add_face(rectF, column=0, position="branch-right")

    # Add tip names in a custom position
    if node.is_leaf():
        nameF = AttrFace("name", fsize=10, fgcolor="slateGrey")
        node.add_face(nameF, column=1, position="branch-right")

tree.show(tree_style=ts)