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我按照说明安装etetoolkit for mac。

# Install Minconda  (you can ignore this step if you already have Anaconda/Miniconda)
curl -L 'http://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh' -o Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh -b -p ~/anaconda_ete/
export PATH=~/anaconda_ete/bin:$PATH;

# Install ETE and external tools 
conda install -c etetoolkit ete3 ete_toolchain

# Check installation
ete3 build check

运行时出现错误conda install -c etetoolkit ete3 ete_toolchain

错误：

UnsatisfiableError：发现以下规范与您环境中现有的python安装不兼容：

  • ete3 -> python[版本='>=2.7,<2.8.0a0,>=3.5,<3.6.0a0,>=3.6,<3.7.0a0']
  • ete_toolchain -> python[版本='>=2.7,<2.8.0a0,>=3.5,<3.6.0a0,>=3.6,<3.7.0a0'
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1 回答 1

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  1. 我为 anaconda 3.7 运行了 [包安装程序][2]。（我认为我实际上不必这样做。）
  2. 从终端运行：conda install python=2.7
  3. 然后conda install -c etetoolkit ete3 ete_toolchain

然后我通过运行验证了这是否有效ete3 build check。在clustalo: MISSING显示的结果中，但这是一个需要解决的新问题。

更新

最后的问题通过运行解决了conda install -c etetoolkit ete3_external_apps

ete3给出的指令中有一个type-o。改用这个。

于 2019-08-19T19:36:09.057 回答