问题标签 [hcluster]
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python - Python中的层次聚类问题
我正在通过相关距离度量（即 1 - Pearson 相关）对二维矩阵进行层次聚类。我的代码如下（数据在一个名为“data”的变量中）：
我得到的错误是：
是什么导致了这个错误？我使用的矩阵“数据”很简单：
我看不出 pdist 在采用 1 - pearson 相关时如何产生负数。对此有什么想法吗？
谢谢你。
python - 无法在 xp 上的 python 2.6 下从 pypi 安装 hcluster
我正在使用 hcluster 提供的 setup.py 文件，并添加了以下行：
然后使用 setup.py 如下：
"c:\program files\python26\python.exe" "c:\Program Files\Python26\Lib\site-packages\hcluster-0.2.0\setup.py" 安装
我收到以下错误消息：
不知道它是否试图读取或写入 hcluster。
任何帮助表示赞赏
python - 如何在 python hcluster 中使用稀疏矩阵？
我正在尝试在 python 中使用 hcluster 库。我没有足够的 Python 知识在 hcluster 中使用稀疏矩阵。请任何人帮助我。所以，我在做什么：
data.dmp 包含的矩阵如下：
并且只包含矩阵的右上部分。我不知道如何正确拼写英文:) 所以，所有数字都高于主对角线所以 data.dmp 包含： 1 0 1, 0 1 , 0
由于我未知的原因，hcluster 使用反转值，例如如果 A!=C 我使用 0，如果 A == D 使用 1
连锁Y
所以，矩阵 Z 是我需要的（如果我正确使用了 hcluster？）
但我有下一个问题：
我想对大量输入数据使用稀疏矩阵，因为像现在这样生成输入数据很耗时，我需要从另一种语言将数据导入 python，这就是我需要读取文本文件的原因。请好心，python大师的建议如何制作？
对于使用 python hcluster 的人，我需要处理大量数据，数百行，可以在 hcluster 中完成吗？这个算法真的能产生正确的HAC吗？
感谢您的阅读，感谢您的帮助！
python - python hcluster，距离矩阵和压缩距离矩阵
我正在使用模块 hcluster 从距离矩阵计算树状图。我的距离矩阵是这样生成的数组数组：
然后我使用命令distVec = hcluster.squareform(distMatrix)将矩阵转换为压缩向量并计算链接矩阵vecLink = hcluster.linkage(distVec)。
所有这一切都很好，但如果我使用距离矩阵而不是压缩向量计算链接矩阵，matLink = hcluster.linkage(distMatrix)我会得到一个不同的链接矩阵（节点之间的距离要大得多，拓扑结构略有不同）
现在我不确定这是否是因为 hcluster 仅适用于压缩向量，或者我是否在途中犯了错误。
谢谢你的帮助！
python - 将 hcluster 生成的 ndarray 转换为 Newick 字符串，以便与 ete2 包一起使用
我有一个通过运行创建的向量列表：
其中 document_list 是我正在分析的 Web 文档的集合。然后我执行层次聚类：
这会生成一个 ndarray，例如：
是否可以将此 ndarray 转换为可以传递给 ete2 Tree() 构造函数的 newick 字符串，以便我可以使用 ete2 提供的工具绘制和操作 newick 树？
尝试这样做是否有意义，如果没有，是否有另一种方法可以使用相同的数据和 ete2 生成树/树状图（我意识到还有其他可以绘制树状图的包，例如 dendropy 和 hcluster 本身但是更愿意使用 ete2 一样）？
谢谢！
python - 如何构建和安装 hcluster？
我从http://pypi.python.org/pypi/hcluster下载 hcluster ，然后解压缩到一个文件夹，然后键入"python setup.py install". 似乎还可以，因为它显示：
但我尝试“导入 hcluster”，它显示：
我是一个为 Python 模块构建、编译、安装等的新手，有人可以详细说明如何解决这个问题吗？谢谢
（我使用的是 Windows XP 和 Python 2.6.1）
python - 即使在我的计算机中也找不到 vcvarsall.bat
我正在尝试使用 easy_install 安装 hcluster 库链接，但出现错误“错误：安装脚本退出并出现错误：无法找到 vcvarsall.bat”
问题是，如果我在我的电脑中搜索，文件在这里“C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 11.0\VC”
我用谷歌搜索，但我发现的每个网站都发送他们根本没有文件。
python - 在 python 中使用 hcluster 进行层次聚类时出错
我正在尝试运行以下代码，我得到一个 AttributeError: 'module' object has no attribute 'hcluster'，在最后一行提出。
我在 Mountain Lion 中运行，我使用 pip 和 homebrew，并且 hcluster 在 PYTHONPATH=/usr/local/lib/python2.7/site-packages 中。
知道可能出了什么问题吗？谢谢。
python - 通过 scipy 给定相似矩阵的树状图
我已经用 Python 计算了一个 Jaccard 相似度矩阵。我想将最高相似度聚类到最低相似度，但是，无论我使用什么链接函数，它都会产生相同的树状图！我有一种感觉，该函数假设我的矩阵是原始数据，但我已经计算了第一个相似度矩阵。有没有办法将这个相似度矩阵传递给树状图，以便正确绘制？或者我将不得不输出矩阵并简单地使用 R 来完成。通过原始原始数据是不可能的，因为我正在计算单词的相似性。谢谢您的帮助！
这是一些代码：
如果您运行此代码，您将看到一个完全向后的树状图。无论我使用什么链接类型，它都会产生相同的树状图。这凭直觉不可能是正确的！
