1

我遇到了一个问题，我找不到任何有用的信息。我在 python 中使用 ete3 来自动创建系统发育树图。如果我在我的 ipython 笔记本中执行它，我已经编写了一些非常棒的代码。

但是，当我通过 在终端中运行它时python script.py，我收到以下警告消息：

GLib-GIO-Message: Using the 'memory' GSettings backend.  Your settings will not be saved or shared with other applications.

(python:7657): Gtk-WARNING **: GModule (/usr/lib/x86_64-linux-gnu/gtk-2.0/2.10.0/immodules/im-ibus.so) initialization check failed: GLib version too old (micro mismatch)

(python:7657): Gtk-WARNING **: Loading IM context type 'ibus' failed

(python:7657): Gtk-WARNING **: GModule (/usr/lib/x86_64-linux-gnu/gtk-2.0/2.10.0/immodules/im-ibus.so) initialization check failed: GLib version too old (micro mismatch)

(python:7657): Gtk-WARNING **: Loading IM context type 'ibus' failed

(python:7657): Gtk-WARNING **: GModule (/usr/lib/x86_64-linux-gnu/gtk-2.0/2.10.0/immodules/im-ibus.so) initialization check failed: GLib version too old (micro mismatch)

(python:7657): Gtk-WARNING **: Loading IM context type 'ibus' failed

出现警告后，代码只是卡住了，并没有创建图。我已经尝试更新 glib 库，但没有帮助。

我正在使用的代码是：

def my_layout(node):
    F = TextFace(node.name, tight_text=True)
    add_face_to_node(F, node, column=0, position="branch-top")
    if node.is_leaf():
        seq_face = SeqMotifFace(node.sequence, seqtype='nt', seq_format='compactseq')
        add_face_to_node(seq_face, node, column=0, position='aligned')

def phylo_with_alignment(tree, alignment, out_dir, out_format):
    t2=PhyloTree(tree, alignment)
    t2.link_to_alignment(alignment=alignment, alg_format='fasta')
    ts2=TreeStyle()
    ts2.show_leaf_name=False
    ts2.layout_fn=my_layout
    print 'trying to render...'
    t2.render(out_dir.rstrip('/')+'/'+os.path.basename(tree)+'phylo_aln.'+out_format, tree_style=ts2)
    print 'Done!'

try:
    parse_fasta(args.alignment)
    phylo_with_alignment(tree, alignment, args.out_dir, args.out_format)
    print 'Tataaaa, phylogeny with alignment created and saved to %s!' % out_dir
except Exception, e:
    print 'EXCEPTION: %s, line %s' % (e, sys.exc_info()[-1].tb_lineno)
    sys.exit()

这里的目标是创建图形并将其保存到out_dir. 我打电话时发生错误t2.render()，在此之前一切顺利。

有人知道我能做些什么来解决这个问题吗？我已经看过如何解决此错误？Gtk-WARNING **: GModule ... 初始化检查失败：GLib 版本太旧（微不匹配）和相关问题，但找不到答案。

编辑：

调用conda remove glib摆脱了错误消息，但脚本仍然没有完成。 注意：在 ipython 笔记本中执行时，相同的代码正在工作

4

0 回答 0