问题标签 [ete3]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
python - 使用 ete3 获取祖先节点号
我需要在 ete3 的树中获取节点号。
这是一个树的例子：
然后我从这棵树中计算一些东西（对于这个问题并不重要），这些东西给了我树中每个节点的值，然后我在 ggplot 树中绘制。但是 ggplot 树需要节点号来绘制此信息，这里的问题是我无法找到代码以获取树的节点号"rooted_tree"
假设我想要 and 的祖先的节点号，A我B怎样才能得到它？我只知道这样做：
ancestor.num但类似的东西ancestor.node_number不起作用......
python - 在“导入的模块 ete3”中找不到参考“NCBITaxonomy”
我安装了 ete3 模块并尝试使用它的类，例如 NCBITaxonomy 和 NCBITaxa，但我不断收到此错误消息。
我尝试按照在线论坛中的说明使用 pip3 卸载并重新安装，但再次遇到相同的错误。
有没有人有类似的问题？
python-3.x - 我可以将节点标签移动到分支点的右侧吗？
我正在尝试使用 ETE Toolkit (ete3) 来渲染谱系树（享受其极大的灵活性），并在每个分支点绘制一个文本标签。我正在做
并且（如此处所述）它显示如下标签：
我可以改变AttrFace分支点右侧的位置，这样整棵树就不会拉长吗？
我正在ete3==3.1.2使用Python 3.9.0.
python - 将 ETE3 用于系统发育树时无法导入名称“TextFace”错误
我正在尝试安装 ETE3 进行系统发育分析，但在安装时显示错误：无法导入名称“TextFace”
我尝试了所有可用的选项，但未能成功。
任何帮助将不胜感激。
PS：我正在尝试使用 Python 从 FASTA 格式构建系统发育树。如果还有其他更好的选择，也请提出建议。
'''sudo yum install PyQt4.x86_64 numpy.x86_64 python-lxml.x86_64 python-six.noarch''' '''pip install --upgrade ete3''' '''ete3 upgrade-external-tools'''' ''ete3 构建检查'''
回溯（最近一次通话最后）：
文件“/home/user1/.local/bin/ete3”，第 5 行，在 from ete3.tools.ete import main
文件“/home/user1/.local/lib/python3.6/site-packages/ete3/tools/ete.py”，第 55 行，在
文件“/home/user1/.local/lib/python3.6/site-packages/ete3/tools/ete_view.py”，
第 48 行，在 from .. import (Tree, PhyloTree, TextFace, RectFace, faces, TreeStyle, CircleFace, AttrFace,
ImportError：无法导入名称“TextFace”
python - 来自超短树枝的“干净”ete3 树
我的树构建工具喜欢二叉树。为了获得这样的树，它通常会引入超小的分支以将其保持在二进制结构中。
当我尝试比较树木时，这对我来说非常烦人，因为那些小树枝会引入不应该存在的分裂。
如果分支长度小于指定限制，是否有使用 ete3（或其他一些库）清理分支树的简单方法？
例如，让从根到 AB 的分支长度小于限制：
那么生成的树应该是这样的：
我试过这样：
导致这棵树：
所以我设法切断了 A 和 B 叶子 - 但我未能将它们连接到上节点。
这是实现这一目标的有效策略吗？
如果没有，我应该如何解决这个问题？
非常感谢你，
最好的，
吨。