问题标签 [ete3]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
python-3.x - 在 ete3 中为热图添加标签
我阅读了关于轮廓面热图生成的整个文档，但我找不到任何方法来为 ete3 生成的热图添加标签。例如，在以下代码中，热图的 7 列具有名称“Marker1”到“Marker7”。有什么方法可以将这些名称添加到 ete3 生成的热图中，例如“BarChartFace”可用的“标签”选项？或者唯一的方法是将树移植到matplotlib并在那里添加标签？
现在它会生成这样的树，但我需要为热图的每一列添加标签。
python - 'Module' 没有属性 'Treestyle'
如果在未安装 PyQT4 时发现人们在使用 ete3 工具时遇到问题的 stackoverflow，这（过去）也适用于我。但是，我现在尝试重新安装一个软件，它一直抱怨“模块”没有属性“Treestyle”。
为了测试是否安装了 PyQT，我运行了这个 python 脚本：
哪个打印：
我得到这个（常见）错误：
注意：这一次我试图在Ubuntu for Windows上安装它，但到目前为止，几乎所有在 Linux 上运行的东西也都在这个上运行。不过，这可能是相关的。
有任何想法吗？
PS 要重现该问题，请执行以下步骤：
PPS 用户 eyllanesc 确认这是一个“Ubuntu for Windows”问题。不过，我仍在尝试修复它，如果有人可以帮助我弄清楚如何将 pyqt4 包正确链接到我的 virtualenv，那就太好了。我试过用 ln -s 连接原生的，但我没有进一步
python - 使用 ete3 编写 Python 脚本以查询 NCBI 的分类：“sqlite3 警告（一次只能执行一条语句）”
我正在使用这个脚本：
该脚本从文件中提取样本，并从 NCBI 分类数据库的本地副本中获取它们各自的谱系。奇怪的是，当我在少量出租车（~70，~100）上运行该脚本时，它运行良好，但我的大多数数据集都超过 280k 出租车，这些破坏了脚本。
我得到这个完整的错误：
回溯中的前两个文件只是我上面引用的脚本，第三个文件是 ete3 的一个。正如我所说，该脚本适用于小型数据集。
我试过的：
- 导入时间模块并在第 11 行和第 31 行我的违规代码行之前/之后休眠几毫秒/百分之一秒。没有效果。
转到ete3代码中的第227行......
/li>
并将“执行”功能更改为“执行脚本”，以便能够一次处理多个查询（这似乎是问题所在）。这产生了一个新的错误，并导致我在他们的脚本中更改一些小东西试图让它起作用。没有结果。这是完整的违规功能：
令我困扰的是，这适用于少量数据！我正在我学校的高性能计算机上运行这些脚本，并尝试在他们的头节点和交互式 moab 调度程序中运行。没有任何帮助。
python-3.x - 如何在 ETE3 中生成重叠的节点面？
我想生成重叠的节点面。目前，节点的垂直距离（y坐标）随着节点面的大小而变化。
如果您知道如何实现重叠节点面，请分享代码。
谢谢
python - 从打印输出中获取表格（熊猫）
我运行了一个在 python 包 ete3 中实现的名为 codeml 的程序。
这是由 codeml 生成的模型的打印：
但由于它只是一个打印，我需要将这些信息放入一个表中，例如：
因为我需要解析这些信息。
您知道如何处理打印输出吗？
谢谢你的帮助。
python - 如何使用 ete3 去除特定的叶子
我有一个对象列表：
而且我还有一个系统发育树（一种树状数据结构），它是这样存储的
这棵树很大，我想要的是减少这棵树。我想在这棵树中维护我列表数据中的所有叶子并删除其余部分。
我不熟悉使用 ete3，任何人都可以让我朝着正确的方向前进吗？
python - Python / ete3：将最密切相关的叶子定位到系统发育树中的特定物种
我正在使用 Python 包ete3。我有树，例如：
我想查看与树中特定节点最密切相关的叶子（这里的树是Species1_order1）。在示例中，最密切相关的叶子是Species2_order2/Species3_order2和Species4_order3/ Species5_order5。
代码：
新示例：
我得到的结果是：
但是例如 E 和 F 在树中与 A、B、C 和 D 的距离相等，因此它们似乎比 D 更衣。
一个好的矩阵结果应该是：
是不是 ？
python - 树中关系最密切的叶子（ete3 包）
您好，我有一棵树，例如：
我正在寻找一种方法来查看离特定叶子最近的叶子。
在这里例如与最密切相关的叶子C是D和与E.
最密切相关的叶子D是与最密切相关的E
叶子BC, DE.
python-3.x - 如何用ete3同时显示多棵树？
我最近在ete3（在 Python3 上）首次亮相，出于调试目的，我会发现并排显示两棵树很方便，matplotlib.pyplot.subfig例如。但是，我在文档和本网站上都没有找到有关此的信息（这很令人惊讶），并且使用tree.show()总是会停止程序的执行。
所以，是的，如果有人知道如何做到这一点，请告诉我。
谢谢
python-3.5 - ete3 错误：无法翻译成出租车！- 生物信息学
我在我自己编写的生物信息学管道中使用 Python 中的 ete3( http://etetoolkit.org/ ) 包。
运行此脚本时，我收到以下错误。我已经将此脚本用于其他没有任何问题且没有给出任何错误的数据集。我正在使用 Python3.5 和 miniconda。任何解决此错误的修复/见解将不胜感激。
[错误]