perl - 使用自定义库路径安装 BioPerl

Question

我试图BioPerl在没有 root 的情况下在我的 PC 上安装新版本，并收到有关所需模块版本太旧的错误。所以我将它们安装到一个自定义目录中。

是否有可能在 --install_base 旁边设置一个库参数以进行安装？README 和 INSTALL 说明只是为使用 的安装提供了它cpan，这对我来说是没有选择的。

谢谢

我的尝试：

my $dir=catdir('home','user','my','bioperl');
my $lib=catdir('home','user','my','lib');
push @INC , $lib;
$lib=$lib.':'.$_ for @INC;

1.

system("cd tools/BioPerl-1.6.923 && perl Build.PL --install_base $dir && ./Build test && ./Build install");

2.

system("export EXPATLIBPATH=$lib && cd tools/BioPerl-1.6.923 && perl Build.PL --install_base $dir && ./Build test && ./Build install");

3.

system("export PERL5LIB=$lib && cd tools/BioPerl-1.6.923 && perl Build.PL --install_base $dir && ./Build test && ./Build install");

Answer 1

没有 root 访问权限是一个常见问题，这就是为什么存在perlbrew.

\curl -L http://install.perlbrew.pl | bash

然后只需安装cpanminus以用于perlbrew: Installing to local perl (perlbrew)。

curl -L http://cpanmin.us | perl - App::cpanminus

这应该使您能够拥有一个稳定的环境来安装所有模块，包括Bio::Perl. 可以执行以下操作或还阅读How do I install the latest BioPerl version when using perlbrew?

cpanm Bio::Perl