问题标签 [bioperl]
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perl - 如何比较和合并多个文件？
参考文件
文件 1
文件2
我有六个类似的文件，不包括参考文件。
这里的前三个字段类似于参考文件。因此，我想从所有 6 个文件中只导出第 4 列并放入参考文件中以生成新的输出。这应该等同于参考文件。他们不匹配的地方放零。
期望的输出
注意：参考文件长度约为 2000，而其他文件的长度并不总是相同（大约 500、400、200、100 等）。这就是为什么需要添加零。
我尝试了这个问题的答案
但似乎它不起作用 - 一些值被遗漏了。而且我不明白如何在不匹配的地方添加零。
perl - 为什么此脚本会在 Windows 上创建损坏的 PNG 文件？
我正在尝试创建一个 PNG 文件。
下面的脚本执行没有返回任何错误，tester.png无法查看输出文件（并且 cmd 窗口打印附加的附加文本）。
我不确定为什么我无法查看此脚本生成的 PNG 文件。
我使用了 Active Perl (5.18.2) 和 Strawberry Perl (5.18.4.1) 但同样的问题。我尝试了 Strawberry Perllibgd并libpng作为安装的一部分，即使我没有收到任何错误。有什么建议吗？
perl - 使用 Bioperl 改变 fasta 文件中特定位置的核苷酸？
我正在尝试调整 Bioperl 脚本以更改 fasta 文件中特定位置的核苷酸并输出具有更改序列的新文件。
fasta 输入示例：
更改文件的核苷酸位置示例：
我的脚本的输出应该是：
这是我当前的脚本：
这目前只打印出一个带有序列 ID 和新核苷酸的文件（取自核苷酸变化文件的第 4 列），但我想要包含核苷酸变化的新序列。
很抱歉，我对 Perl 知之甚少，并且才刚刚开始使用 Bioperl，因此非常感谢有关如何更改此脚本的一些指导。如果输出可以是 fasta 格式会更好吗？我只是在改编别人的剧本时才做到这一点！谢谢。
perl - Bio::DB::Fasta，无法在 script.pl 行的未定义值上调用方法“index_file”
我想在 perl 中重新加载一个预索引文件，该文件之前已被索引如下：
在另一个脚本中，我想重新加载现有的索引文件。
./script.pl hg19.fa.index 输入
在描述中它是 syas
但它返回以下错误：
如果我再次使用，在第二个脚本中：
它立即进入下一步！这是否意味着它已经意识到它的存在？
perl - 使用 Bio::Graphics 绘制两条不同轨迹（染色体、片段、支架……）的最佳选择是哪个？
我正在使用 BioPerl 模块Bio::Graphics来绘制一些基因组坐标。我有来自不同支架或轨道的区域，它们具有进化保守的元素，这个想法是将对应的片段与其元素绘制在同一个图中。我怎样才能做到这一点？
这是我的原始数据：
其中片段名称为：reftig_235 和 reftig_2。所以当我通过我的代码时：
结果如下：
但它没有绘制名为 reftig_2 的第二个片段。我能做些什么？提前致谢！
perl - 根据配对长度处理 FASTQ 文件
以下文件是双端 fastq 文件的两个伙伴，我想根据它们的长度分隔每个 fastq。
mate1.fq：
mate2.fq：
我编写了以下代码来执行此操作，但仅对第二个文件mate2.fq（
错误：
Can't use string ("151") as a symbol ref while "strict refs" in use at
如何处理这些文件？
html - Perl解析html后出现未初始化值错误
我Bioperl用来寻找GOterms基因。我检索一个html文件，将其转换为文本，去掉所有多余的空格和换行符，并尝试遍历生成的数组。
但是，我不断收到访问数组中未初始化值的错误。我进行了许多检查以确保数组不为空并且我不会越界。我怎样才能摆脱这个错误？
我以更易读的格式重新发布了代码。谢谢您的帮助。
它似乎成功地从 html 中解析出正确的数据，所以我不知道出了什么问题。
主要的错误信息是：
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 23 行的字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[127]。
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 35 行的打印中使用未初始化的值 $parsed[1]。
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 42 行的字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[1]。
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 41 行的连接 (.) 或字符串中使用未初始化的值 $parsed[1]。
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 48 行的字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[17]。
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 47 行的连接 (.) 或字符串中使用未初始化的值 $parsed[17]。
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 54 行的字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[29]。
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 53 行的连接 (.) 或字符串中使用未初始化的值 $parsed[29]。
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 60 行的字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[41]。
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 59 行的连接 (.) 或字符串中使用未初始化的值 $parsed[41]。
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 66 行的字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[79]。
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 65 行的连接 (.) 或字符串中使用未初始化的值 $parsed[79]。
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 72 行的字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[83]。
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 71 行的连接 (.) 或字符串中使用未初始化的值 $parsed[83]。
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 77 行的字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[95]。
在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 82 行的字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[107]。
perl - 如何将 perl 程序转换为可安装模块？
我有一个要转换为 bioperl 模块的 perl 程序。我怎么做？有最新的教程吗？这就是我所需要的。
谢谢你。