perl - 将 PHYLIP 文本文件转换为 PNG 图像

Question

有谁知道如何在 perl 中以编程方式将文本格式的phylip 树格式文件转换为 PNG 图像？

树文件：

(  
B:6.0,  
(  
A:5.0,  
C:3.0,  
E:4.0)  
:5.0,  
D:11.0);    

我曾尝试使用该Bio::Tree::Tree模块，但它会将不正确的节点写入 SVG 文件。

Answer 1

此代码在以下位置生成 SVG 输出STDOUT（我没有资格评论是否显示了正确的节点）：

use v5.16;     # sets strict and warnings
use Bio::Phylo::Forest;
use Bio::Phylo::Treedrawer;

my $string = '(B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0):5.0,D:11.0);';   

my $forest 
  = Bio::Phylo::IO->parse( -format => 'newick', -string => $string )->first;

my $treedrawer = Bio::Phylo::Treedrawer->new(
           -width  => 800,
           -height => 600,
           -shape  => 'CURVY', # curvogram
           -mode   => 'PHYLO', # phylogram
           -format => 'SVG'
);

$treedrawer->set_scale_options(
           -width => '100%',
           -major => '10%', # major cross hatch interval
           -minor => '2%',  # minor cross hatch interval
           -label => 'MYA',
);

$treedrawer->set_tree($forest);
$treedrawer->set_format('Svg');
print $treedrawer->draw;

为了生成 PNG 图像，我使用脚本将 SVG 输出定向到文件，并使用 ImageMagick 的convert实用程序将其转换为 PNG。它看起来像这样：

也有直接创建PNG图像的工具Bio::Phylo::Treedrawer。要Bio::Phylo::Treedrawer输出 PNG 图像，您可以使用以下方法修改对象的属性：$treedrawer->set_format('Png');

但是在我的系统上，使用 PNG 图像格式时会收到警告：

WARN Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract::_draw_legend [Bio/Phylo/Treedrawer/Abstract.pm: 106] - Bio::Phylo::Treedrawer::Png can't draw a legend. 我不认为这是一个错误。该消息可能会更好地表达为：

Bio::Phylo::Treedrawer::Png does not support drawing a legend

如果 SVG 输出比 SVG 输出Bio::Phylo::Treedrawer更可取，Bio::Tree::Tree那么您可能只想将其用作数据格式。您可以使用图像编辑器或 perl 模块转换您的输出文件，该模块可以将您的 SVG 数据转换为 PNG 作为脚本的一部分。