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perl - 运行第一个程序时出现 BIO-Perl 错误

我尝试使用 Eclipse 运行 bio perl。

我试图执行的代码是：

我收到以下错误：

无法在 C:/2ndSemester/BIO424-DevelopBioinformaticTools/PerlPrograms/BIOPerlExamples/TestBIOPerl1.pl 第 3 行通过包“BIO::Seq”找到对象方法“new”（也许您忘记加载“BIO::Seq”？） .

有谁知道为什么会发生这个错误？

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bioinformatics - 将标签添加到 bioperl DB::SAM/BAM

我有一个 bam 文件并使用 bioperl (Bio::DB::Sam) 来处理它。现在我想问一下是否有可能在这个文件的对齐中添加标签？

我用

循环通过对齐的读取。现在我正在搜索类似的东西

再见

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perl - perl 中的高效子串匹配

我正在寻找一种有效的解决方案来在字符串中找到最长的子字符串，以容忍主字符串中的n 个不匹配

例如：主字符串

  1. AGACGTAC TACTCTACT AGATGCA*TACTCTAC*
  2. AGACGTAC TACTCTACT AGATGCA*TACTCTAC*
  3. AGACGTAC TACTCTACA AGATGCA*TACTCTAC*
  4. AGACGTAC TACTTTACA AGATGCA*TACTCTAC*

搜索字符串：

  1. TACTCTACT ：这应该被视为与上述所有主要字符串的匹配项。

此外，我可能会出现部分子字符串位于主字符串末尾的情况，我也想把它捡起来。

如果您能提供一些指示，我将不胜感激。

PS：我将有一个搜索字符串和大约 1 亿个主字符串来搜索子字符串。

谢谢！-阿比

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python - 将 GenBank 平面文件转换为 FASTA

我需要解析一个初步的 GenBank 平面文件。该序列尚未发布，因此我无法通过加入来查找它并下载FASTA文件。我是生物信息学的新手，所以有人可以告诉我在哪里可以找到一个 BioPerl 或 BioPython 脚本来自己做这个吗？谢谢！

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perl - 在gen列表中查找SNP的位置

我有 SNP 数据和基因列表数据。当我与 gen 列表进行比较时，我正在寻找 SNP cotain 在 gen 列表数据中的位置。例如：

  1. SNP数据：

    /li>

  2. gen列表数据：

    /li>

  3. 结果：在 SNP 的 14185 位置包含在 gen 列表的 16185 位置。

下面是我的代码，但在对数字进行排序时存在一些问题。

如果您能提供一些指示，我将不胜感激。

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perl - 如何确定给定值属于哪个范围？

我有两个数据集：“数据 1”和“数据 2”。您能否帮我找到“数据 1”中 posi 的每个值，“数据 2”中 posi 位于 Star_posi 和 end_posi 之间的范围。

数据 1

数据 2

输出

  1. 位置 2 的数据 1 包含在 star_posi 1 和 end_posi 10 之间的数据 2 中。
  2. 位置 14 的数据 1 包含在 star_posi 3 和 end_posi 15 之间的数据 2 中。

我想识别数据 2 中的行，其中数据 1 中的值包含在数据 2 中的行范围内。我制作了下面的脚本，但我没有走多远。

如果您能提供一些指示，我将不胜感激。

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perl - Bioperl：初学者的笔记或在线参考资料

请建议，我想从 0 开始。我确实有 R 经验。

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apache2 - 如何在 apche2 服务器中运行本地爆炸程序

我在 apche2 服务器上运行一个本地爆炸程序......但它向我显示错误。 - - - - - - - - - - - 警告 - - - - - - - - - - -

味精：找不到爆破的路径

我的代码是..

当我在终端中运行相同的代码时，它工作正常......并显示 mw 正确的结果......请帮助我......如何在 apche2 服务器中运行本地 balst 程序......

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string - 在 Perl 中查找字符串中匹配两个字符的数量

Perl （不是BioPerl）中是否有一种方法可以找到每两个连续字母的数量。

即，AA, AC, AG, AT, CC, CA, ...这样的序列中的数量：

PS：我们可以手动使用正则表达式，即$GC=($sequence=~s/GC/GC/g)，返回序列中GC的个数。

我需要一种自动化和通用的方式。

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cpan - BioPerl 和 CPAN - 安装问题和错误“无法在 @INC 中找到 Bio/EnsEMBL/Registry.pm”

我出于纯粹的绝望而发布此消息，因为我真的不知道还能尝试什么。我是 bioperl 的初学者，我正在编写一个脚本来解析我从 MolQuest fgenesh 获得的一些结果。结果以 .txt 格式输出，我想将它们解析为 GFF 和 fasta 文件以获取 mRNA 和蛋白质序列，以便与我们拥有的其他结果进行比较。所以我找到了Bio::Tools::Fgenesh模块，我正在用它编写一个脚本。问题是，BioPerl 似乎无法在我的 ubuntu 电脑上运行

我按照这里的说明http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_for_Unix。我设法以 root 模式安装 CPAN（否则它将无法工作）并通过 CPAN 安装 BioPerl。所有测试都很好，但是当我运行这个脚本来测试安装时

我收到错误消息：“无法在 @INC 中找到 Bio/EnsEMBL/Registry.pm”

我尝试通过 Build.PL 再次安装 BioPerl，以 root 身份运行，但仍然得到相同的结果。

感谢您的帮助


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