perl - 在 mysql 服务器中安装 Bioperl 库

Question

我安装了 Bioperl 并且工作正常。然后安装 Bio::Tools::Run::Phylo::Phyml 并且它在终端上运行良好。

但是，当我从浏览器调用包含它的相同脚本以使用 CGI 方法时，我收到此错误：

无法在 @INC 中找到 Bio/Tools/Run/Phylo/Phyml.pm（@INC 包含：/etc/perl /usr/local/lib/perl/5.14.2 /usr/local/share/perl/5.14. 2 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.14 /usr/share/perl/5.14 /usr/local/lib/site_perl . /etc/apache2) 在 /var/www/Adol /mafToPhyML1.pl 第 14 行。\nBEGIN 失败--编译在 /var/www/Adol/mafToPhyML1.pl 第 14 行中止。

我从 error.log 收到这条消息

Answer 1

这篇文章与您的问题相似。您需要@INC在您的 cgi 脚本中正确设置。use lib使用包含 Phyml.pm 所在的 Bio 目录的目录向您的 cgi 脚本添加一个编译指示。