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我有以下 fasta 文件：

'>gi|277456704|dbj|ID_P|Gene name LLL
MDGFAGSLDDSISAASTSDVQDRLSALESRVQQQEDEITVLKAALADVLRRLAISEDHVASVKKSVSSKV
YRRKHQELQAMQMELQSPEYKLSKLRTSTIMTDYNPNYCFAGKTSSISDLKEVPRKNITLIRGLGHGAFG
EVYEGQVSGMPNDPSPLQVAVKTLPEVCSEQDELDFLMEALIISKFNHQNIVRCIGVSLQSLPRFILLEL
MAGGDLKSFLRETRPRPSQPSSLAMLDLLHVARDIACGCQYLEENHFIHRDIAARNCLLTCPGPGRVAKI
GDFGMARDIYRASYYRKGGCAMLPVKWMPPEAFMEGIFTSKTDTWSFGVLLWEIFSLGYMPYPSKSNQEV
LEFVTSGGRMDPPKNCPGPVYRIMTQCWQHQPEDRPNFAIILERIEYCTQDPDVINTALPIEYGPLVEEE

'>gi|27704|dbj|ID_Y|Gene name JJJ
MDGFAGSLDDSISAASTSDVQDRLSALESRVQQQEDEITVLKAALADVLRRLAISEDHVASVKKSVSSKG
SELRGGYGDPGRLPVGSGLCSASRARLPGHVAADHPPAVYRRKHQELQAMQMELQSPEYKLSKLRTSTIM
TDYNPNYCFAGKTSSISDLKEVPRKNITLIRGLGHGAFGEVYEGQVSGMPNDPSPLQVAVKTLPEVCSEQ
DELDFLMEALIISKFNHQNIVRCIGVSLQSLPRFILLELMAGGDLKSFLRETRPRPSQPSSLAMLDLLHV
ARDIACGCQYLEENHFIHRDIAARNCLLTCPGPGRVAKIGDFGMARDIYRASYYRKGGCAMLPVKWMPPE

'>gi|2097704|dbj|ID_X|Gene name X
MDGFAGSLDDSISAASTSDVQDRLSALESRVQQQEDEITVLKAALADVLRRLAISEDHVASVKKSVSSKG
QPSPRAVIPMSCITNGSGANRKPSHTSAVSIAGKETLSSAAKSGTEKKKEKPQGQREKKEESHSNDQSPQ
IRASPSPQPSSQPLQIHRQTPESKNATPTKSIKRPSPAEKSHNSWENSDDSRNKLSKIPSTPKLIPKVTK
TADKHKDVIINQEGEYIKMFMRGRPITMFIPSDVDNYDDIRTELPPEKLKLEWAYGYRGKDCRANVYLLP
TGEIVYFIASVVVLFNYEERTQRHYLGHTDCVKCLAIHPDKIRIATGQIAGVDKDGRPLQPHVRVWDSVT
LSTLQIIGLGTFERGVGCLDFSKADSGVHLCVIDDSNEHMLTVWDWQRKAKGAEIKTTNEVVLAVEFHPT

我想遍历 FASTA ，在它遇到的所有“R”处拆分蛋白质序列，这将生成肽，然后对肽进行分解。从blastp 获取结果并将blastp 结果存储在fasta 文件中每个蛋白质ID 的单独文件中。我对使用什么语言并不特别。我想了解如何做到这一点，以便我可以在其之上构建更多功能。谢谢！

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使用Biopython，您可以将 FASTA 文件解析为序列对象，在“R”处拆分，然后通过 Internet进行 BLAST或在本地运行 BLAST。您可以获取结果（表示为SeqRecords，并通过遍历每条记录将它们输出到 FASTA 文件。

该文档包含大量代码示例，您可以使用这些示例来拼凑您要查找的内容。

于 2013-06-08T00:12:27.377 回答