1

如何查看可以传递给 Perl 模块上的新对象的参数/参数？我通常会去 CPAN 并查看该SYNPOSIS部分以了解我正在尝试做的事情的示例。但是他们提供的示例和描述并不总是全面的，我最终不得不寻找其他人使用该模块的示例，并希望有人尝试以与我相同的方式使用该模块。

这是我正在尝试使用的最新模块

 use Bio::DB::GenBank;
 my $gb = Bio::DB::GenBank->new(-format     => 'Fasta',
                                -seq_start  => 2,
                                -seq_stop   => 51,
                                -strand     => 1,
                                -complexity => 1);

如何查看可以传递给的参数的完整列表Bio::DB::GenBank->new()。有没有办法查看对象/对象/模块定义？还是对象的构造函数？

编辑：我刚刚意识到我可以从 CPAN 下载模块并自己查看模块中的代码以获取对象参数，但我想知道是否有人有更好的方法？

4

2 回答 2

2

CPAN 上的模块——确定的方法是查看代码，看看它们做了什么。这并不总是特别简单，但它是唯一确定的事实来源。

否则会有文档，开发人员应该在其中描述（公共）模块功能。这并不总是发生，有时开发人员清楚的事情对每个潜在的模块用户来说并不那么清楚。

但这部分是使用公共贡献模块库的权衡 - 一些模块经过精心打磨，它们闪闪发光，而另一些则......嗯，更多的是正在进行中的工作。

好消息是 - 大多数维护者都乐于接受更新和修复。通常，某些东西“缺乏”仅仅是因为可用的时间，或者它在功能方面满足了当前的需求。

于 2015-10-29T16:53:56.867 回答
1

首先要做的是查看文档，这是 Perl 规则的地方，因为它在命令行中可用：

perldoc Bio::DB::GenBank

该检查不需要时间。如果这不能告诉你你需要知道的一切，就像在这种情况下，我总是看下一个测试。在我看来，这是了解类/方法应该如何工作的最简单方法。如果你有一点经验，阅读好的测试比阅读文档更好/更快。阅读代码对我来说通常是最后的手段，因为即使是简单的代码也很难理解，我认为这可能归咎于风格差异（以及 Perl 本身）。

此时，如果你找不到任何测试或文档，你需要问问自己这个模块是否值得你花时间。我会说几乎总是答案是否定的。有用和流行的模块应该有一些基本的测试和文档。需要注意的一件事（尤其是 BioPerl）是，如果有文档，它可能来自另一个模块。人们经常复制模块，更改代码，然后将其上传到 CPAN 或 github :-/。

您没有提出具体问题，但我猜您正在尝试从 GenBank 获取/操作数据。在这种情况下，我建议直接使用 NCBI 的 E-Utilities 接口或使用BioPerl 中的Bio::DB::EUtilities（虽然不是核心，但需要单独安装）。有一些不错的指南，例如EUtilites Cookbook和EUtilities webservices guide，尽管后者基于 SOAP 服务，并且可能超出您对大多数用途的需要。

如果您有更具体的问题，我也很乐意提供帮助。

于 2015-10-30T21:05:37.077 回答