python - BioPerl 的 Bio::DB::Fasta 在 Biopython 中的等效函数是什么？

Question

我正在使用 BioPython 将 Perl 代码转换为 Python 代码。

我得到了类似的东西：

my $db = Bio::DB::Fasta->new($path,$options)

我正在 Biopython 中寻找类似的功能。有这样的吗？

Answer 1

您可以在http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqIO-module.html找到 FASTA 文件的 IO

关于索引，我认为 Biopython 不处理像 Bio::DB:Fasta 这样的“.fai”文件。您可以使用该方法拥有一个字典（如 perl 哈希）SeqIO.index()。这是一个简单的示例，如文档中所示：

from Bio import SeqIO
record_dict = SeqIO.index("fasta_file.fas", "fasta")

print(record_dict["ID of the fasta sequence"])

SeqIO.index在内存中创建一个字典以允许随机访问每个序列。阅读文档以查看该字典的限制：http: //biopython.org/DIST/docs/api/Bio.File._IndexedSeqFileDict-class.html