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我正在使用perlbrew并且我想安装最新的 bioperl 版本。我应该使用cpanmorgit吗？

如果git- 我只是像往常一样安装（AKAgit clone ...然后制作和构建），还是我应该做一些特别的事情？

更新

具体来说，我不确定我是否了解BioPerl Using Git 手册中的以下专家：

告诉 perl 在哪里可以找到 BioPerl（假设您检查了 $HOME/src 中的代码；在 .bash_profile、.profile 或 .cshrc 中设置它）：

bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"

为什么这是必要的？

更新 2

简单地导出 bioperl 克隆目录不会影响所有bp_***.pl脚本（通常在/usr/bin/正常Build安装后找到）。

在使用 切换到正确的 perl 版本后，我还尝试从克隆的目录构建perlbrerw，但随后它运行 cpan shell 来安装一些似乎不能很好地使用的依赖项perlbrew（而不是cpanm）。

所以，我的问题仍然...

谢谢！

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最新的BioPerl总是会在GitHub 上，所以 git 是你的答案。你是否想要最前沿是另一回事，但在关注 BioPerl 邮件列表一段时间后，我感觉如果你对 BioPerl 有任何问题，开发人员更有可能说“从 GitHub 安装”，尤其是因为最CPAN 上的最新版本是从 2009 年开始的。从那时起已经有了很多发展。

至于安装它，我不明白为什么您不能git clone ...在使用 perl 后继续执行标准的 make/build 舞蹈perlbrew，因为这就是perlbrew. :-)

问题更新更新：关于设置的简介就在那里，因为一旦您通过;PERL5LIB克隆了 BioPerl，就不需要构建它。git开箱即用。假设您没有将它克隆到 中的目录中@LIB，您需要告诉 Perl 在哪里可以找到它。无论您是否使用perlbrew.

基本上这个过程是这样的：

  1. 从 GitHub 克隆 BioPerl。
  2. 确保您使用的是perlbrew-installed Perl。
  3. PERL5LIB按照 BioPerl 说明设置环境变量。
  4. 运行perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;'以确保您使用的是刚刚签出的 BioPerl。

查看源代码，我认为#4 应该打印出 1.006900（或者可能是 1.6.9，我永远无法保持 Perl 版本号不变）。

于 2010-09-17T17:10:23.060 回答