问题标签 [ape-phylo]

我可能可以更好地措辞标题，但我想折叠系统发育树中的任何进化枝（即使进化枝有一个成员），其尖端标签为“foo”，然后计算从中丢弃的尖端数量那个特定的进化枝并创建一个带有显示 35 foos 的尖端标签的分支。

计数部分很容易；但是，当我使用

掉落的尖端不会保持其在树中的位置。相反，它们都在最后分组（但是正确计算）。有没有办法通过尖端标签折叠进化枝并保持其在树上的位置？

我已经使用 BEAST 运行了祖先状态重建，这给了我一个像这样的 Nexus 文件

（除了 20 倍的分类群，2000 倍的树木和实际不同的树木。）

我想可视化 intenal 和 tip 节点中词汇项的重建，似乎ape可能是一个很好的工具，因为它可以编写脚本，它可以读取 Nexus 文件（我尝试使用 read. nexus("filename.nex"), 似乎 str 是合理的) 并且从http://ape-package.ird.fr/ape_screenshots.html判断它可以以很好的格式显示重建：

在从原始数据构建某种共识树之后，如何让猿thermo从 10000 棵不同的 Newick 树的评论 () 中给出的数据构建类似这棵树的东西？[&...]

我正在尝试对包含相同分类群的两棵树进行系统发育比较。我想根据隔离站点为连接着色。我原以为我已经成功地完成了这项工作，但我的工作流程出现了错误，即彩色线条与隔离部位不准确对应。我想知道您是否有任何见解，请在下面找到我的可重复示例。

就目前而言，这是我当前的输出：

我正在尝试指定在我的祖先状态重建分析中使用的颜色，以便我可以在其他图表中使用相同的颜色相同的数据。但是，当我nodelabels从猿使用时，我指定的颜色与显示的颜色不一致。有人知道为什么吗？以及如何解决它？请参阅下面的问题示例：

这给出了图像：

大多数颜色都可以排列，但 E 显示为紫色，但代码为#FF7F00（橙色）。这段代码举例说明了这一点：

任何意见，将不胜感激。

I'm trying to teach myself how to do phylogenetics for historical linguistics in R. I've found a public data set (https://www.cs.rice.edu/~nakhleh/CPHL/IEDATA_112603), and I want to get a Newick format tree from it, so that I can visualize it following these instructions: https://www.r-phylo.org/wiki/HowTo/InputtingTrees. I'm running R 3.4.1 on Max OS 10.12.6.

Here's what I've done so far. I copied the data and used R and a text editor to transform it into a Nexus data file. Since Nexus (as I understand it) can't distinguish between the individual characters 1 and 2, and the combined character 12, I turned all values in the original data set over 9 into letters of the alphabet, in sequence (a-q). Anyone can download it from here: https://ucla.box.com/s/i4fbeagcw8lombg3xuhczfk3h0y7v54m

The problem is, I can't find any instructions or code or guidance to interpret the raw data as a tree. I've found one Python script (Convert csv to Newick tree), but I don't know Python. Can anyone point me in the direction of the right software/library/tutorial, or otherwise help me figure out what my next step should be?

我有一个约 200 x 200 大小的距离矩阵 我无法使用 R 中猿库的 BioNJ 选项绘制树状图 尺寸很大以使绘图可见 我可以通过哪些方法来提高可见性

我试图在 R 中运行一个模拟，在那里我制作了一大堆系统发育树。树模拟有点问题，因为它的运行时间变化很大，有时是 0.005 秒，有时是几分钟。我想避免慢树，所以我尝试使用 evalWithTimeout 来跳过它们。到目前为止，我遇到了问题，因为我不能让它杀死慢任务而不杀死循环。我的问题与this question类似，但该问题的解决方案对我没有帮助。

这就是我到目前为止所拥有的。无论模拟是否超过时间限制，我都希望它继续打印“i”，但目前它给了我“达到 CPU 时间限制”错误并停止。

我已经对许多用树进行层次结构的属进行了统计测试，因此我对树中的每个属都有一个 p 值。

我想在面板图中可视化树和 p 值，因为可以使用ggtree。

包和树数据：

代码：

但是在这里，属的名称被截断了，所以我修改了xlim参数以完整地查看它们。

有用！但是，xlim传播到第二个面板......我该如何解决这个问题？

我尝试添加xlim(0:1)或xlim = 0:1输入，facet_plot()但这不起作用...

在 F. Privé 回答后编辑：

我需要将标签保留在分支的右侧，因为我必须在它们上添加一些标签/统计信息。我希望它们左对齐。

使用 R 包 APE 生成的 phylo 树并使用 ggtree 绘图 - 有人知道使分支更短的方法吗？

我的角度是，我主要比较的是物种内，但添加了两个最密切相关的物种，部分是为了扎根树。但是，与近亲物种的进化距离当然比种内要高得多，这意味着我有一个超长的分支，占用太多空间+很难弄清楚种内的细节差异，因为图像被缩小以显示其他物种。

显而易见的手动解决方案是在 R 之外更改图像，但我更喜欢编程解决方案。

据我所知，ggtree 具有“缩放”功能，但这仅与进化枝的宽度有关，而不与深度有关。我已经从 ggtree 看到了带有我提到的那种截断的图（用虚线显示截断的区域），但我不知道这些细节是否在完成绘图后被编辑。

这是我正在使用的树

这是使用来自猿的数据生成树的代码。截断问题也可以应用于这里的大多数分支。

我正在使用apeR 中的包来生成系统发育树。我想以 png 格式打印生成的树，以便将图像通过管道传输到网站。我似乎找不到打印生成树的命令（如果可能的话）。一些建议/见解将不胜感激。