问题标签 [ape-phylo]

我是系统发育分析的新手，我正在使用该ape库分析来自 28 个不同物种的 34 种灵长类动物的神经解剖学特征。我使用 10ktrees 来获得共识系统发育树（有 28 个提示）。但是，我不能将表型和树结合起来，因为观察的数量与提示的数量不匹配。我应该使用多分法将提示分成多个主题吗？

到目前为止，这是我的代码：

我收到以下错误：

谢谢您的帮助！

我正在使用 RStudio、程序猿和phytools. 我已经生成了一棵树，其中存储了 500 个引导复制，存储在 class 的对象中phylo。

我的树的名字在哪里cw，我尝试了以下方法：

我收到以下错误消息：

回合错误（cw，digits = 2）：数学函数的非数字参数

我觉得这可能是一个非常简单的操作，但我不知道如何到达那里。

我想从遗传数据中产生系统发育树。我在 R 和 python 中发现了一些看起来很棒的树图包，例如 R 中的 ggtree。但是这些需要已经采用树格式的数据输入，例如 Newick。

我认为大多数人从 vcf 文件开始并生成 FASTA 文件，但我的出发点是基因型表 - 我使用单倍体生物体，因此每个位置都是 0（参考）或 1（非参考）。据此，我使用 R 中的 dist() 计算成对遗传距离。 5 个样本 AE 的示例数据，成对距离超过十个变异位置：

我想从 pdist 生成一个分层树输出文件，例如 Newick 格式，以便我可以将其插入 ggtree 之类的包中以绘制漂亮的树，例如圆形系统发育图、用协变量着色等。我尝试过搜索但不确定从哪儿开始。

编辑/更新 这个网站很有帮助 http://www.phytools.org/Cordoba2017/ex/2/Intro-to-phylogenies.html 我使用了包：ape、phangorn、phytools、geiger

这段代码似乎工作 -

输出树：

我正在遵循本指南，了解如何将性状绘制到系统发育上以确定性状保守性。我一步一步地遵循它，但似乎无法让社区组成或系统发育特征图对我的数据集起作用。我已经按照他们所说的进行了格式化，它看起来就像他们发送给我的示例数据一样。

我不知道如何将树文件放在这里，所以这里是所有物种的云链接上的一个，这是我仅用于我的本地物种的树，用于性状绘图

以下是社区数据：

这是特征数据：（我尝试省略而不是省略 NA）

以下是dput输出：

我正在尝试绘制系统发育树，但每次我尝试绘制它时，都会引发以下错误：

这是一个MWE：

以下调用plotAnc()引发了上面关于缺少图例的错误：

我之前尝试调用以下函数plotAnc()：

我仍然收到有关图例的错误消息。我究竟做错了什么？

考虑以下数据集：

我将其转换为一个phyDat对象，然后创建了一个成对距离矩阵，如下所示：

然后根据这个距离矩阵，我估计了一个 UPGMA 树：

然后我创建了引导数据集：

然后我计算了引导集中分区的比例：

到目前为止，一切都很好。这是我希望得到一些帮助的地方。当我调用函数prop.clades时，我不明白结果：

为什么NA当引导树集中有该进化枝的证据时，此函数会返回？

第二个问题：

如果只有 100 个引导样本，为什么最终进化枝的值是112？

我想在我的类树中给一个物种一个新名称phylo（使用ape包）。

我试过了：

这没有达到我想要的效果。有什么建议么？

我想使用 data.frame 中的变量在 phylo 对象中设置“edge.length”。phylo 对象中的“node.label”“tip.label”对应于 data.frame 中的行名。如何使用 data.frame 中的变量设置 edge.length，同时确保数据正确匹配？在下面的代码中，它位于步骤 3 中。我希望匹配 edge.length，以便 node.label 或 tip.label 匹配 data.frame 中的 row.name。

是否有可能0/1从像左边那样的分叉系统发育树生成像下面右图所示的字符矩阵。矩阵中的1表示存在联合进化枝的共享特征。

这段代码生成了很好的随机树，但我不知道从哪里开始将结果转换为字符矩阵。

为了清楚起见，我可以使用以下代码生成随机矩阵，然后绘制树。

我想要的是生成随机树，然后从这些树中制作矩阵。此解决方案无法生成正确类型的矩阵。

为清楚起见进行编辑：我正在生成二进制字符矩阵，学生可以使用它来使用简单的简约法绘制系统发育树。该1字符代表将分类群联合成进化枝的同源性。因此，所有行必须共享一个字符（一1列中的所有行），并且某些字符必须仅由两个分类单元共享。（我在打折自体变形。）

例子：

我在 R 中有一个 phylo 对象 zphylo，如果绘制它看起来像这样：

只有标记为 85 和 56 的节点才能提供系统发育结构的信息。其他节点妨碍了我，我想将所有其他节点合并在同一个分支上。（例如，我想组合 {31, 83, 84}, {89..92}, {86..88} 和 {35..44}）。

请问你能帮忙吗？

这是可重复性的 zphylo 对象：