问题标签 [ape-phylo]

我正在尝试使用离散数据保存带有彩色分支的系统发育树，每次执行 pdf() 函数然后尝试打开它时，都会出现 pdf 错误。这是我正在使用的代码

但是，如果我将 pdf 函数放在 plotTree 函数之前，它将打开但不会向树添加颜色。tree2 来自之前使用的代码，该代码仅采用了我的原始树并添加了亚种以制作一棵新树。

此外，如果我尝试手动将绘图保存为 jpeg，树的大小保持不变，但绘图区域将更改为我选择的大小，因此它看起来很小而且超级拥挤。

感谢您的任何帮助。 这是我使用更正代码后生成的图像

我正在尝试识别由系统发育树中的节点对分隔的边数。例如，假设内部分支1由节点22和23绑定。当然，这可以用nodelabels()and直观地完成edgelabels()，但我正在处理具有数千个技巧的系统发育，因此需要一种自动化的方式。

是否有任何命令可以将节点编号与边缘编号匹配？

我正在尝试编写一个 Rscript 来运行系统发育包 ape 以在许多输入文件上运行相同的命令，并为每个输入文件生成一个带有原始文件名的修改版本的输出文件。

这是我尝试使用的代码：

这个问题显然是write.tree在线的，但我不知道如何解决它。这是我收到的错误消息：

任何帮助将不胜感激。

谢谢！

我正在尝试创建一个字符映射，并建议在 R 中使用 Phylotools 和 Ape 包。

我已经安装了这些软件包，但是当我尝试执行功能getStates时，它会出现一条错误消息：

我已经安装了正确的软件包（所以我认为）而且我很困惑。任何帮助将非常感激。如果您需要我更详细地解释任何事情，请告诉我。

我正在尝试使用 phytools 的 phylosig 函数计算系统发育信号，但出现此错误：

但是，当我检查我的树时，它说它确实有分支长度！

到底是怎么回事？任何帮助，将不胜感激。

编辑：

我的树是从 vertlife 下载的 MCC 树。

我有一个带有“phylo”类的系统发育树“m20.mlbtbs”，我必须将其转换为“phylog”类才能绘图。我尝试使用as.phylo函数，但是收到“长度”参数错误

执行时，该函数要求我输入一些我不知道的整数！

1：

2：

然后当我按回车跳过这个时，我收到这个错误Error in numeric(dim(tr$edge)[1]) : invalid 'length' argument

我不知道该放什么作为长度参数，文档中没有解释，至少我不理解！有什么想法吗？

我正在使用使用该函数的picante包测试植物性状中的系统发育信号。multiPhylosignal我根据手册设置了数据和树，但每次运行代码时都会弹出“R Session Aborted R 遇到致命错误。会话已终止。” 唯一的选择是开始一个新的会话。我没有让它运行而不会崩溃一次，我不确定错误是什么。

这是下载我的系统发育的链接，其中包含我测量特征的物种。系统发育是一个过时的.new 文件，在没有系统发育包的情况下无法在 excel 或 R 中打开（例如picante）

我现在还上传了带有特征数据的 CSV，位于此处

这是我的代码：

这是特征矩阵

如果需要，我可以以不同的格式粘贴数据

我需要使用已发布的系统发育进行后续分析，为此，我必须将树从 pdf、jpg 或 tiff 图像转换为机器可读的 newick 格式。目前，我使用该函数来测量受这篇文章locator启发的图像中的各个分支长度，并手动构建 newick 格式。虽然这可行，但该过程成本高昂且容易出错。

有没有更方便可靠的方法使用已发表的系统发育进行进一步研究？我不是在寻找从 DNA 序列数据中重新计算系统发育的选项。

我想从输入的单倍型数据生成无根的邻居加入树，然后根据变量为树的分支着色。我正在使用包 Ape 和 ggtree。单倍型和协变量（元数据）位于两个具有匹配样本名称的单独文件中。我已经能够生成树木并通过变量为树木的尖端着色，但不能通过树枝。

使用模拟数据 -

我可以在 Ape 中绘制树：

我可以在 ggtree 中绘制树，通过颜色/形状向尖端添加变量：

但是我无法弄清楚如何在 Ape 或 ggtree 中使分支由变量（而不是尖端）着色。我只想要终端分支的颜色，而不是树的所有线条。我的目标是显示两个（分类）变量 - 一个按分支颜色，一个按尖端的形状（或颜色）。我所追求的粗略版本如下图所示（Factor_A 由尖端形状编码（中性色如图所示），Factor_B 由分支颜色编码。

在此先感谢您的帮助。

树是系统发育树（用 证明class(tree)）。我已经尝试重新安装 phyloseq，但它没有帮助。如何避免这个错误？