loops - 如何使用变量在 R 中指定输出文件名？

Question

我正在尝试编写一个 Rscript 来运行系统发育包 ape 以在许多输入文件上运行相同的命令，并为每个输入文件生成一个带有原始文件名的修改版本的输出文件。

这是我尝试使用的代码：

library(ape)
setwd("/home/wirenia/phylogenomics_projects/Monoplacophora    /2014-09-10_Monoplacophora_fixed_alicut/pruned/OGs_with_LANT/manually_cleaned_alignments/2019-06-19_IQ-TREE_single-gene_trees/")
for (x in list.files(pattern="*.treefile")) {
tree <- read.tree(x)
tree$node.label <- NULL
write.tree(tree, file = x'.nobootstraps.tre')
}

这个问题显然是write.tree在线的，但我不知道如何解决它。这是我收到的错误消息：

Rscript remove_bootstrap_support_values_from_newick_trees.r
Error: unexpected string constant in:
"tree$node.label <- NULL
write.tree(tree, file = tree'.nobootstraps.tre'"
Execution halted

任何帮助将不胜感激。

谢谢！

Answer 1

我相信你需要：

write.tree(tree, file = paste(x, '.nobootstraps.tre'))

而不是你的

write.tree(tree, file = x'.nobootstraps.tre'

R不能像你尝试的那样连接字符串stringvariable"stringliteral"

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