0

我正在尝试使用 phytools 的 phylosig 函数计算系统发育信号，但出现此错误：

Error in vcv.phylo(tree) : the tree has no branch lengths

但是，当我检查我的树时，它说它确实有分支长度！

> MCC_genus_tree

Phylogenetic tree with 1160 tips and 1159 internal nodes.

Tip labels:
    Anolis, Ornithorhynchus, Zaglossus, Tachyglossus, Rhynchocyon, Elephantulus, ...

Rooted; includes branch lengths.

到底是怎么回事？任何帮助，将不胜感激。

编辑：

我的树是从 vertlife 下载的 MCC 树。

4

1 回答 1

2

答案是我搞砸了。我的数据没有名字，所以 phylosig 放弃了我所有的提示！

这就是我修复它的方法：

data_with_names <- data_without_names$trait
names(data_with_names) <- data_with_names$species_names
于 2019-12-31T13:17:38.247 回答