问题标签 [ape-phylo]

我正在尝试创建循环系统发育树。我有这部分代码：

这是结果：

此外，我正在尝试显示每个节点的标签并为分支着色。任何建议如何做到这一点？

谢谢！

假设我有一个系统发育树和我的树的一些字符数据。我知道一个字符是单向的：从 0 到 1 的转变率为正，但从 1 到 0 的转变率为零（例如，0 是二倍体，1 是多倍体）。假设我想对我的树进行祖先重建。我知道我可以使用 Ape 包中的 Ace 或 phytools 包中的 make.simmap 来进行祖先重建，但我不知道如何指定单向字符更改的模型。

例子：

有人知道该怎么做吗？

在 R 中使用 ace 函数的 ARD 模型时出现错误。错误是

floating.pie.asp 中的错误（XX[i], YY[i], pie[i, ], radius = xrad[i], col = piecol）：floating.pie：x 值必须为非负数

那就是我得到错误的时候。如果我使用原始树而不修剪，则没有错误。但是，当我将它们修剪到我的要求时，它会变成负面的。

这是数据 树文件

数据文件

我有一个过程，我想重复已知次数，但有一个问题。第一次迭代应该使用原始数据集，然后下一次应该使用第一次的结果，下一次使用第二次的结果，......

一些背景：数据集是 type phylo，所以循环append内的函数for对我来说没有意义。下面是实际代码：

我希望能够防止上述的硬编码，并以某种方式循环它以获取包含系统发育树的提示名称的给定列表以删除。

谢谢！

我一直在用这个情节弄乱pin、mar和oma，但我无法弄清楚可以容纳使用下面的代码生成的情节的提示标签的神奇组合。任何建议将不胜感激。

我已经为一个蛋白质家族建立了一个系统发育树，该家族可以分成不同的组，根据受体类型或反应类型对每个组进行分类。树中的节点被标记为受体的类型。

在系统发育树中，我可以看到属于相同组或受体类型的蛋白质聚集在相同的分支中。所以我想折叠这些具有共同标签的分支，按给定的关键字列表对它们进行分组。

该命令将是这样的：

./collapse_tree_by_label -f phylogenetic_tree.newick -l list_of_labels_to_collapse.txt -o collapsed_tree.eps（或pdf）

我的 list_of_labels_to_collapse.txt 会是这样的： A B C D

我的 newick 树会是这样的： (A_1:0.05,A_2:0.03,A_3:0.2,A_4:0.1):0.9,(((B_1:0.05,B_2:0.02,B_3:0.04):0.6,(C_1:0.6 ,C_2:0.08):0.7):0.5,(D_1:0.3,D_2:0.4,D_3:0.5,D_4:0.7,D_5:0.4):1.2)

没有折叠的输出图像是这样的：http: //i.stack.imgur.com/pHkoQ.png

输出图像折叠应该是这样的（collapsed_tree.eps）：http: //i.stack.imgur.com/TLXd0.png

三角形的宽度应该代表分支的长度，三角形的高必须代表分支中的节点数。

我一直在玩 R 中的“ape”包。我能够绘制系统发育树，但我仍然不知道如何通过标签中的关键字折叠分支：

这将加载树：

这里应该是要折叠的代码

这将绘制树：

我知道如何使用 PCA 结果绘制圆，但未能根据绘图结果绘制x.lab和绘制。y.labs.class

如何制作我在这里发布的情节？ 我想问更多关于这个。

1. 如何根据另一个整数变量使点变大或变小？

2. 可以ggplot2画同一个圆s.class吗？以前的答案没有显示如何绘制圆圈。

birthdeath我想使用包确定给定系统发育树的出生率和死亡率ape，我收到以下错误：

这棵树phy是超度量的，看起来很好，checkValidPhylo是真的（特别是所有边都有正长度）。它的情节很好，看起来很正常......

如果需要，我可以上传树。

我正在使用apeR 中的包。我想要subtree一个phylogenetic树中所有可能的列表。然后我想遍历子树列表并获取每个子树的根。我的问题是，为每个子树列出的第一个内部节点是该子树的根吗？

一个例子可能会更好地说明我的问题。我创建了一个包含 12 个提示的随机树，然后提取子树。我已经复制了子树 1 的输出。然后 R 列出了一些内容，包括Node labels: 13, 14, ...每个子树的内容。节点标签中列出的第一个节点（在本例中为节点 13）是否始终是子树的根？

我正在尝试为我在 R 中的系统发育制作漂亮的数字（我正在努力使用 R 进行分析）。这些树是在 Garli 和 MrBayes 制造的。Garli（最大似然）树的行为与所有典型的 ape、phytools 和 phangorn 命令一致。我有颜色、进化枝标签、节点标签等。

但是我的 MrBayes 树没有表现。编辑 - 现在我的另一棵 Garli 树也没有合作。

节点不会正确旋转。我还需要做些不同的事情吗？

这是一个例子：

然后我创建一个新窗口并绘制它。附上两棵树并排。右边是原图，没有旋转。左边的是旋转后的。看起来它们大部分是旋转的，但有一些分类群被拖走或留下。这会导致分支重叠。

有谁知道我能做些什么来解决这个问题？