问题标签 [ape-phylo]

我试图将系统发育放在复合图的中间。但是，我找不到合适的设置，因为顶部和底部的名称或左右两侧的名称都被剪切了。
我找到的唯一解决方案是减少 cex （分类名称的大小），但它看起来真的很傻，因为分类名称很小。

简单的可重现示例：

library(ape)
par(fig=c(0.25, 0.75, 0.25,0.75))
data(bird.orders)
plot(bird.orders, type = "fan", use.edge.length = T)

任何想法如何解决这个问题？如果与分类群名称相比，我可以缩小地块的分支长度部分，那将是理想的。

我有一棵树，我想得到树的一部分，它是cutree 组的祖先。

我cutree用来获取一定数量的组：

如何获得树的左边部分？本质上是这样的tree2：

当我尝试将 tibble 转换为树（treedata或phylo）对象时出现错误，即使 tibble 最初是由树生成的。参见示例：

它要求 'unique(parents[!(parents %in% children)])' 返回一个非零向量，但这与根节点本身的性质相矛盾：

例如 tidytree:::rootnode.tbl_tree 将根定义为具有 parent==node 的节点

^{由reprex 包（v1.0.0）于 2021-06-04 创建}

我有 96 个氨基酸序列，用 MAFFT 比对并手动修剪（FASTA 格式），用 ProtTest 选择氨基酸替换模型（LG+I+G 模型），用 MEGAX 进行系统发育重建（ML 方法，bootstrap 测试 1000复制，Newick 格式的树）和用 PAML 进行的祖先重建，总共有 664 个最终氨基酸位置。但是，我的对齐有插入缺失。我用字母（A 到 T）命名每个插入缺失，并且各自的酰胺酸位置范围：A:89-92、B:66-67、C:181-186、D:208-208、E:214-219 , F:244-250, G:237-296, H:278-280, I:295-295, J:329-334, K:345-349, L:371-375, M:390-425, N ：432-433，O：440-443，P：480-480，Q：500-500，R：541-544，S：600-600。序列的初始部分和结尾部分都是非常可变的，因此从位置 0 到 34（初始）和 600 到 664（最终），

我想知道，在每个祖先节点上，每个 indel 出现在祖先序列中的概率是多少。有人告诉我，包“ape - 系统发育和进化分析”上的 R-studio“ace”功能可以执行此任务。我已经安装了“ape”和“ggtree”。我检查了这个网页https://www.rdocumentation.org/packages/ape/versions/3.0-1/topics/ace，但是，我不知道如何构建脚本。我是生物学家，也是 R 的新手。

有人可以帮忙吗？将不胜感激，谢谢。

我正在尝试执行类似于 phylosignal (navic) 和 phylobase (geospiza) 包数据集的测试。但是，我似乎无法正确获取数据框，我试图在 R 上打印数据并将其保存在 Excel 工作表上，但在运行代码时遇到了同样的错误。这是我的数据集的链接（https://www.dropbox.com/s/36akifw32ou81q5/larkbodyweight.xlsx?dl=0）。当我尝试运行代码时，出现以下错误：

UseMethod（“dotplot”）中的错误：没有适用于“dotplot”的方法应用于“c（'tbl_df'，'tbl'，'data.frame'）”类的对象

as(from, "phylo4") 中的错误：没有将“tbl_df”强制转换为“phylo4”的方法或默认值</p>

我有一个由 89 个样本组成的数据集，这些样本被放入进化枝中，如下表所示。他们还有 5 个连续变量，我的目标是在 R 中创建这些数据的系统发育树，但我不太确定如何去做。连续数据已标准化/标准化。

所以这个表真的很简单而且很小，但它可以让我了解我的数据集是什么样子的。我如何使用这些数据在 R 上创建系统发育树。我主要希望根据类型拆分树并计划使用 Cont1、Cont2 等手动更改分支长度

所以我创建了一棵没有指定分支长度的树，并且我有一个具有完全相同尖端名称的数据集，并且每个物种总共有 5 次测量（450 次测量）。我正在尝试使用这些测量值进行 MLE（最大似然估计）来改变分支长度，但我不确定如何去做。我需要使用所有 5 个，并且我需要的分支长度是样本的直接分支。一个捷径是根据每个样本的 5 个测量值计算出每个样本的 MLE 值，并将其输入到 Mesquites.exe 中，但我所拥有的代码再次让我查看其中一个变量而不是全部5. 我拥有的 5 个变量是 5 种不同的长度测量值，但我需要使用所有这些变量，而不仅仅是一个变量

任何帮助，将不胜感激

Rphylopars我正在尝试使用该包计算脂肪酸数据集和系统发育树之间的表型协方差矩阵。

我能够加载数据集和系统发育；但是，当我尝试运行测试时，我收到错误消息

类（树）<-“phylo”中的错误：尝试将属性设置为 NULL”

这是测试的代码

不确定还有哪些其他信息有助于解决问题。数据集和系统发育加载没有错误。

我试图在一个完整的基于形态的系统发育树中估计两个二元字符的祖先状态。我正在使用ape::ace函数，type = "discrete"并kappa = 0作为参数。不幸的是，我正在处理关于这个问题的两个问题：我的拓扑结构具有三个多分体，并且树枝没有长度。

为了进行祖先状态估计，我首先使用了ape::multi2di函数。但是，此过程会在拓扑中创建人工节点。这成为一个新问题，因为这些新节点的状态也在被估计。

有没有另一种方法来处理这种情况？除了那些phytools能够处理多分体和祖先状态重建中没有分支长度的功能（或包）之外，还有其他功能（或包）吗？

我正在尝试分析与血细胞比容（一种生理特征）的遗传力有关的系统发育信号，但我在该过程的最后一步遇到了问题。基本上，我已经将系统发育树（amphtree）与对象（p4d）融合data (amphdata)在一起phylo4d。但是，当我尝试运行该函数时，phyloSignal()我收到一条错误消息：

f(arg, ...) 中的错误：与请求的类型不兼容：[type=character; 目标=双]。

这是代码：

供参考的对象如下所示：

任何建议表示赞赏！另外，如果有人知道更好的方法，请随时告诉我