我试图在一个完整的基于形态的系统发育树中估计两个二元字符的祖先状态。我正在使用ape::ace函数，type = "discrete"并kappa = 0作为参数。不幸的是，我正在处理关于这个问题的两个问题：我的拓扑结构具有三个多分体，并且树枝没有长度。
为了进行祖先状态估计，我首先使用了ape::multi2di函数。但是，此过程会在拓扑中创建人工节点。这成为一个新问题，因为这些新节点的状态也在被估计。
有没有另一种方法来处理这种情况？除了那些phytools能够处理多分体和祖先状态重建中没有分支长度的功能（或包）之外，还有其他功能（或包）吗？