我有一个由 89 个样本组成的数据集，这些样本被放入进化枝中，如下表所示。他们还有 5 个连续变量，我的目标是在 R 中创建这些数据的系统发育树，但我不太确定如何去做。连续数据已标准化/标准化。
| 样品 | 类型_1 | 类型_2 | 类型_3 | 续1 | 续2 | 续3 | 续4 | 续5 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 索罗 | 欧索罗 | sauro_1 | 2 | 4 | 5 | 7 | 8 |
| 2 | 锡拉 | 全神贯注 | 马尼拉普 | 2 | 5 | 4 | 2 | 1 |
| 3 | 奥尔尼 | basal_orn | basal_orn | 9 | 10 | 15 | 20 | 4 |
所以这个表真的很简单而且很小，但它可以让我了解我的数据集是什么样子的。我如何使用这些数据在 R 上创建系统发育树。我主要希望根据类型拆分树并计划使用 Cont1、Cont2 等手动更改分支长度
所以我已经想出了一种冗长乏味的方式，但它可以工作，代码如下所示。
mytreenew<- ape::read.tree(text = '(Hetero,((Kentro,(Tuo,(Stenops))),(Dyoplo,((psitto1, psitto2, psitt3,(korea,(aurora,(lepto1, lepto2,(Centro))))),(Diluvi,(Tenon1, Tenon2,(Campto,(Iguano, Our1, Our2,(Tethy, (Magna, (Lambeo, (Cory,(Gobi1, Gobi2))))))))))))),((Plateo,(lufengo,((Mamenchi1, mamenchi2), (omei1, omei2, omei3),((Apato1,Apato2,(diplo, seismosaurus)),(Camar,((Giraffatitan,(Lusotitan,(Huabei,(Astropho,(Patago))))),(Tasta,(Opistho1,Opishto2,((Moz, Dread)))))))))));')
plot(mytreenew)