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我正在尝试为我在 R 中的系统发育制作漂亮的数字（我正在努力使用 R 进行分析）。这些树是在 Garli 和 MrBayes 制造的。Garli（最大似然）树的行为与所有典型的 ape、phytools 和 phangorn 命令一致。我有颜色、进化枝标签、节点标签等。

但是我的 MrBayes 树没有表现。编辑 - 现在我的另一棵 Garli 树也没有合作。

节点不会正确旋转。我还需要做些不同的事情吗？

这是一个例子：

mbcpart <- read.nexus("acronicta_101_taxa.nex.con.tre")
outgroup <- c("Nacna_malachitis", "Nacna_sugitanii", "Gerbathodes_paupera", "Belciades_niveola", "Moma_kolthoffi", "Moma_alpium")
rmbcpart <- root(mbcpart, outgroup, resolve.root=TRUE)
rmbcpart <- rotate(rmbcpart, 175)
rmbcpart <- rotate(rmbcpart, 122)
rmbcpart <- rotate(rmbcpart, 108)

然后我创建一个新窗口并绘制它。附上两棵树并排。右边是原图，没有旋转。左边的是旋转后的。看起来它们大部分是旋转的，但有一些分类群被拖走或留下。这会导致分支重叠。

有谁知道我能做些什么来解决这个问题？

坏先生巴耶斯

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1 回答 1

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这实际上只是一个包含 hack 的函数，但我建议尝试 phytools::untangle。例如：

library(phytools)
tree<-untangle(tree,"read.tree")
于 2020-06-04T21:16:39.943 回答