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在阅读下面的评论并按照建议进行单元测试后，我正在编辑这篇文章。以下是我的程序的简要说明：

  1. 给定一个仅包含字母 A、G、C、T 的输入字符串。字符串的长度通常为 80-100K。
  2. 我必须确定符合某些标准的区域（至少 200 个长度）。我正在使用滑动窗口算法。（示例：输入字符串：abcdef，输入宽度 = 3，滑动窗口字符串将为 abc、bcd、cde、def、ef。在我的情况下，输入宽度 = 200）。我创建了一个函数来执行此操作，并将字符串的开始和结束间隔保存在整数列表中。因此，假设我的列表类似于 (30,230, 40, 240, 60, 260, 300,500, 450,650)，其中 30,40,60,300,450 是满足特定标准的开始间隔，其余数字是结束间隔。
  3. 下一步是识别附近的那些间隔（距离为 100）并将它们组合在一起。我已经做到了。现在我的列表是 (30,260, 300,500, 450,650)。

  4. 我的最后一步是在这些间隔上重新运行标准，以确保它们仍然符合要求。这就是我遇到问题的地方。这是我的代码：

    public static List<Integer> finalCPGIslands(List<Integer> iList,
    String iSeq, int width) {
// Declare output list that contains final list of start and end
// intervals
List<Integer> oList = new ArrayList<Integer>();
// Add the first two elements anyways
oList.add(iList.get(0));
oList.add(iList.get(1));
if (iList.size() > 2) {
    for (int i = 2; i < iList.size(); i += 2) {
        // The below IF is attempted to ensure that substring is always
        // valid
        if (iSeq.length() > iList.get(i + 1)) {
            // While creating the substring in next line, I get String
            // index out of range: -9
            String testSeq = iSeq.substring(iList.get(i),
                    iList.get(i + 1) + 1);
            boolean check = cpgCriteriaCheck(testSeq);
            if (check) {
                // If condition is met, add the indexes to the final
                // list
                oList.add(iList.get(i));
                oList.add(iList.get(i + 1));
            }
            // If condition is not met, start removing one character at
            // a time until condition is met
            else {

                int counter = 0;
                int currentSequenceLength = testSeq.length();
                String newTestSeq = null;
                while (counter <= currentSequenceLength) {
                    counter++;
                    if (testSeq.length() > 2) {
                        newTestSeq = testSeq.substring(1,
                                testSeq.length() - 1);
                        testSeq = newTestSeq;
                        if (newTestSeq.length() < width) {
                            counter = currentSequenceLength + 1;
                        } else {
                            boolean checkAgain = cpgCriteriaCheck(newTestSeq);
                            // If condition met, add the item to list
                            // and exit
                            if (checkAgain) {
                                oList.add(iList.get(i) + counter);
                                oList.add(iList.get(i + 1) - counter);
                                counter = currentSequenceLength + 1;
                            }

                        } // End of Else
                    } // End of IF

                } // End of While
            } // End of Else
        }

    } // End of For
} // End of Else
return oList;

    }

在此函数中，输入参数是包含开始和结束间隔的整数列表、我的输入字符串以及作为开始和结束间隔之间的最小差的整数差。当我尝试在下面的以下行中创建一个子字符串时，我得到一个字符串超出范围：-9 异常：

String testSeq = iSeq.substring(iList.get(i),
                        iList.get(i + 1) + 1);

此外，此异常只是间歇性地出现。我有一个大约 95K 个字符的输入文件，并且没有发生此异常。我认为通过放置一个 IF 语句，我检查以确保字符串长度大于输入列表值，我涵盖了这个异常。另外，-9 表示什么？这是否表明字符串中的第 9 个字符无效？即使我通过删除所有 /r 和 /n 出现来清理字符串，是否有可能导致此问题的任何不需要的字符。抱歉太冗长了，但我想给出这个问题的背景。根本原因似乎仍然只是创建子字符串时的字符串索引超出范围异常。

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1 回答 1

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通过添加以下行解决了 String OOB 异常。这涵盖了创建子字符串时可能发生的所有错误情况。
if (str != null && from >= 0 && to >= from && to <= str.length()) { }

于 2013-11-02T00:36:36.750 回答