plot - 如何正确声明图例？

Question

我正在尝试绘制系统发育树，但每次我尝试绘制它时，都会引发以下错误：

Error in as.graphicsAnnot(legend) : argument "legend" is missing, with no default

这是一个MWE：

library(ape)
library(phangorn)
tr <- read.tree(text = "(((L2,L3),L4),L1);") 
df <- data.frame(L1 = c(0,0,1,0,0,0,1,1,1,1,0,0,0,0,1), L2 = 
c(0,1,1,0,1,1,0,1,1,0,1,1,0,1,1),L3 = c(1,1,1,0,0,0,1,1,1,0,0,0,1,1,1),     
L4=c(0,0,1,1,0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,1)) 
phydat <- as.phyDat(df,type="USER",levels=c(1,0),names=names(df))
anc.tree <- pratchet(phydat) #ratchet search
anc.tree <- optim.parsimony(anc.tree,phydat) #NNI optimization
anc.tree <-root(anc.tree,outgroup = "L1", resolve.root = TRUE) #roots the tree
anc.tree <- acctran(anc.tree,phydat) #adds branch lengths
anc.acctran <- ancestral.pars(anc.tree,phydat, "ACCTRAN")

以下调用plotAnc()引发了上面关于缺少图例的错误：

plotAnc(anc.tree,anc.acctran,1) 

我之前尝试调用以下函数plotAnc()：

legend("bottomright", "foo") 

我仍然收到有关图例的错误消息。我究竟做错了什么？

Answer 1

tr <- read.tree(text = "(((L2,L3),L4),L1);") 

当然，您的代码中是否存在错误（上图）。tr <- read.tree(text = "(((L2,L3),L4),L1))" 我不确定 ";" 字符，您是否使用它来指定根。

我确信使用“Figtree”来绘制它并使用 R 进行数字运算会更容易。