使用 R 包 APE 生成的 phylo 树并使用 ggtree 绘图 - 有人知道使分支更短的方法吗？
我的角度是，我主要比较的是物种内，但添加了两个最密切相关的物种，部分是为了扎根树。但是，与近亲物种的进化距离当然比种内要高得多，这意味着我有一个超长的分支，占用太多空间+很难弄清楚种内的细节差异，因为图像被缩小以显示其他物种。
显而易见的手动解决方案是在 R 之外更改图像，但我更喜欢编程解决方案。
据我所知，ggtree 具有“缩放”功能，但这仅与进化枝的宽度有关，而不与深度有关。我已经从 ggtree 看到了带有我提到的那种截断的图（用虚线显示截断的区域），但我不知道这些细节是否在完成绘图后被编辑。
这是使用来自猿的数据生成树的代码。截断问题也可以应用于这里的大多数分支。
library(ape)
library(ggtree)
data("woodmouse")
woodmouse %>%
dist.dna() %>%
nj() %>%
ggtree() +
ggtitle("Example") +
geom_treescale()
