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我有一个mdata看起来像这样的数据框：

>head(mdata)

          ID  variable    value
 SJ5444_MAXGT   coding   4.241920
 SJ5426_MAXGT   coding   4.254331
 HR1383_MAXGT   coding   4.244994
 HR5522_MAXGT   missense 4.250347
CH30041_MAXGT   missense 4.303174
 SJ5438_MAXGT   utr.3    4.242218

我正在尝试绘制这样的小提琴图：

x1<- mdata$value[mdata$variable=='coding']
x2<- mdata$value[mdata$variable=='missense']
x3<- mdata$value[mdata$variable=='utr.3']

vioplot(x1, x2, x3, names=as.character(unique(mdata$variable)), col="red")
title("Violin Plot: Log10 values")

但我有另一个数据框ndata，如下所示：

>head(ndata)

           ID variable   value
 SJ5444_MAXGT   coding   17455
 SJ5426_MAXGT   coding   17961
 HR1383_MAXGT   coding   17579
 HR5522_MAXGT   missense 17797
CH30041_MAXGT   missense 20099
 SJ5438_MAXGT   utr.3    17467

基本上 mdata$value 是：

mdata$value = log10(ndata$value)

所以我可以把小提琴情节做好。但我需要更改 Y 轴标签以匹配 ndata$value 而不是 mdata$value。我正在绘制 mdata$value，但希望从 ndata$value 获取 Y 轴标签。仅供参考，这是实际数据的子集，实际数据中的最小值和最大值为 12 和 36937，我知道如何使用以下方法将其绘制在箱线图上：

axis(side=2,labels=round(10^(seq(log10(min(ndata$value)),log10(max(ndata$value)),len=5))),at=seq(log10(min(ndata$value)),log10(max(ndata$value)),len=5))

但我无法绘制 Y 轴标签以匹配小提琴图中的 ndata$value。有什么建议么？

PS我找不到标签vioplot，violinplot所以我无法标记它。

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2 回答 2

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vioplot不是很灵活 - 它不允许您关闭轴标签或修改它们 - 但您可以先创建自己的空图，然后使用 将小提琴图添加到其中vioplot(...,add=TRUE)，然后手动添加标签，如如下：

## make up data
set.seed(101)
x1 <- rlnorm(1000,meanlog=3,sdlog=1)
x2 <- rlnorm(1000,meanlog=3,sdlog=2)
x3 <- rlnorm(1000,meanlog=2,sdlog=2)

现在创建情节：

library(vioplot)
par(las=1,bty="l")  ## my preferred setting
## set up empty plot
plot(0:1,0:1,type="n",xlim=c(0.5,3.5),ylim=range(log10(c(x1,x2,x3))),
     axes=FALSE,ann=FALSE)
vioplot(log10(x1),log10(x2),log10(x3),add=TRUE)
axis(side=1,at=1:3,labels=c("first","second","third"))
axis(side=2,at=-2:4,labels=10^(-2:4))

在此处输入图像描述

或者，您可以ggplot2::geom_violin()与scale_y_log10()（我认为）一起使用。

于 2013-10-17T13:33:59.497 回答
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根据 Ben Bolker 的建议，我使用了 ggplot2::geom_violin() 并实现了我想要的，绘制 log10(value) 但使用以下命令在 Y 轴上标记“值”：

ggplot(mdata, aes(variable, log10(value))) + geom_violin(colour="black",fill="red")
+ scale_y_continuous(
breaks = seq(log10(min(mdata$value)),log10(max(mdata$value)),len=5), 
labels = round(10^(seq(log10(min(mdata$value)),log10(max(mdata$value)),len=5)))
)
于 2013-10-17T16:37:14.037 回答