r - 如何在 R 中使用 ape 包绘制树状图？

Question

我有一个约 200 x 200 大小的距离矩阵 我无法使用 R 中猿库的 BioNJ 选项绘制树状图 尺寸很大以使绘图可见 我可以通过哪些方法来提高可见性

Answer 1

两个选项，取决于您的数据

如果您需要计算数据的距离矩阵，请使用

set.seed(1)                          # makes random sampling with rnorm reproducible
# example matrix
m <- matrix(rnorm(100), nrow = 5)    # any MxN matrix
distm <- dist(m)                     # distance matrix
hm <- hclust(distm)
plot(hm)

如果您的数据是距离矩阵（必须是方阵！）

set.seed(1)
# example matrix
m <- matrix(rnorm(25), nrow=5)       # must be square matrix!
distm <- as.dist(m)
hm <- hclust(distm)
plot(hm)

一个 200 x 200 的距离矩阵给了我一个合理的情节

set.seed(1)
# example matrix
m <- matrix(rnorm(200*200), nrow=200)       # must be square matrix!
distm <- as.dist(m)
hm <- hclust(distm)
plot(hm)