r - 猿包 - 打印生成的树

Question

我正在使用apeR 中的包来生成系统发育树。我想以 png 格式打印生成的树，以便将图像通过管道传输到网站。我似乎找不到打印生成树的命令（如果可能的话）。一些建议/见解将不胜感激。

Answer 1

听起来您正在寻找树的绘图方法（“phylo”类的对象），例如：

library(ape)
tt <- rcoal(10)
png("phylo1.png")
plot(tt)
dev.off()

?plot.phylo提供有关自定义绘图的许多选项的信息。

有更多的绘图选项，例如来自phylogram 包的小插图：

可以使用 stats 绘图函数 plot.dendrogram 以及 circlize (Z. Gu et al. 2014) 和 dendextend (Galili 2015) 等树状图增强包中提供的广泛绘图功能从树状图对象生成出版质量树。后者还提供将树状图转换为“ggdend”对象的工具，在 ggplot2（Wickham 2009）和 ggdendro（DeVries 和 Ripley 2016）包中提供了许多强大的“图形语法”绘图功能。此外，ape 包（E. Paradis、Claude 和 Strimmer 2004）中有几个用于“phylo”对象的高级绘图选项，可通过 Newick 导入/导出函数 read.dendrogram 和 write.dendrogram 访问此处的树状图对象。 ..